文件交换

Brain-Observatory-Toolbox

バジョン0.9.2(2.93 mb)作成者: 伊桑•迈耶斯
一个与艾伦大脑天文台交互的MATLAB工具箱
5．0
(1）

ダウンロ，ド:70

更新2022/9/2

GitHubから

GitHubでラセンスを表示

在文件交换中查看大脑观察工具箱

大脑天文台工具箱

一个用于访问和使用神经记录公共数据集的MATLAB工具箱艾伦大脑天文台1．

首先从EphysQuickstart＆OphysQuickstart导游。

请参阅应用于神经科学数据分析的大脑观测工具箱EphysDemo和OphysDemo．

，了解如何使用大脑观测工具箱EphysTutorial，OphysTutorial,&BehaviorTutorial．

大脑观测工具箱处于早期阶段;该接口在v0.9版本中不能保证稳定。x版本。

我们非常欢迎提问、建议和其他反馈(详见论坛）.

关于艾伦大脑天文台的数据集

发布的数据来自艾伦大脑天文台的数据包括两个神经活动记录数据集:

数据集 记录类型 昵称 细节
视觉编码神经像素2 大规模神经探针记录 “ephys”(电生理学) 细节
可视化编码2P3. 双光子钙成像 “生理学”(光学生理学) 细节

视觉编码数据集都是在呈现不同的视觉刺激时从活的小鼠大脑中收集的。技术白皮书(请参阅每个数据集的详细信息)提供了关于实验技术和计算管道的详细信息。

关于大脑观测工具箱(BOT)

大脑观测工具箱(BOT)提供了一个统一的接口来访问和使用视觉编码神经数据集。

BOT接口提供表格可用数据集项和的表示形式对象特定数据集项的表示形式:

BOT数据项及工作流程示意图

关键概念

  • 项目表金宝app支持所有表格操作,包括表索引使特定的数据集项选择作为项对象进行检查和分析
  • 项目对象由无数属性它们分别返回关于特定项目的直接值、派生值或文件链接值
    • 一些项目对象也有方法计算需要附加用户指定参数的值

基本工作流程由三行代码说明:

>>会话＝机器人．fetchSessions（＇ephys＇）％获取/查看显示可用ephys会话项的表>>会话＝机器人．会话（会话（1，：）)％获取/查看表示第一个可用会话项的对象>>方法（会话）％显示可用于访问其他会话项值的方法(函数)

试着把这三行直接输入MATLAB命令窗口

技术细节

  • 实现了本地缓存(检索到的项目信息、对象表示和文件内容)，以在MATLAB会话内和跨会话提供尽可能快的初始和重复性能。

安装

安装Brain Observatory工具箱的最简单方法是使用扩展浏览器：

  1. 启动附加组件资源管理器图像
  2. 搜索“大脑观测工具箱”
  3. 按“添加”按钮。图像

所需的产品下载188bet金宝搏

  • MATLAB (R2021a)
  • 图像处理工具箱(如果运行可视化编码2P演示OphysDemo.mlx）

确认

最初的工程工作是由心理文化研究基金会和谢尔曼费尔柴尔德奖在金宝app汉普郡学院和主办大脑，思想和机器中心麻省理工学院。

脚注

  1. 艾伦脑科学研究所版权所有。艾伦大脑天文台。可以从:portal.brain-map.org/explore/circuits．↩

  2. 艾伦脑科学研究所版权所有。视觉编码神经像素数据集。可以从:portal.brain-map.org/explore/circuits/visual-coding-neuropixels．↩

  3. 艾伦脑科学研究所版权所有。可视化编码2P数据集。可以从:portal.brain-map.org/explore/circuits/visual-coding-2p．↩

引用

伊桑·迈耶斯(2022)。Brain-Observatory-ToolboxGitHub (https://github.com/emeyers/Brain-Observatory-Toolbox/releases/tag/v0.9.2)。取得済み．

Matlabリリ，スの互換性
作成:R2021a
R2021a以降R2022b以前と互換性あり
プラットフォ，ムの互換性
窗户 macOS Linux
タグタグを追加

社区寻宝

在MATLAB Central中找到宝藏，并发现社区如何帮助您!

开始狩猎!

+机器人

+ bot / +内部

+ bot / + / + nwb内部

+ bot / +项目

+ bot项目/ + / +混凝土

+ bot项目/ + / +内部

+ bot项目/ + / + / +内部抽象

+ bot项目/ + / +内部/ +枚举

+ bot项目/ + / + / +内部mixin

+ bot / +跑龙套

演示

教程

バ，ジョン 公開済み リリ，スノ，ト
0.9.2

参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/emeyers/Brain-Observatory-Toolbox/releases/tag/v0.9.2
0.9.1

参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/emeyers/Brain-Observatory-Toolbox/releases/tag/v0.9.1
0.9

このGitHubアドオンでの問題を表示または報告するには，GitHubリポジトリにアクセスしてください。
このGitHubアドオンでの問題を表示または報告するには，GitHubリポジトリにアクセスしてください。