Bioinformatics工具箱
유전체및단백체데이터를를읽고분석분석하며시각화
BioInformatics Toolbox™는차세대염기서열분석（ngs：下一代测序），미세배열분석，질량분석，유전자온톨로지사용되는알고리즘앱을합니다。이툴박스의함수를이용하여ncbi基因表达omnibus및genbank®같은온라인와이파이스뿐아니라sam，fasta，cel，cdf같은같은파일형식에서데이터와와단백체이터를를수수수염기서열브라우저，공간열지도，클러스터클러스터등이용이러한이러한러한이터를를하고하고시각화수수수수수수수수수수수수수수수수수수수수수수수수수수수수수수。BioInformatics工具箱는피크를탐지하고누락된이터에에값을대체，특징을선택할있는있는적기법도제공합니다。
툴박스의함수를조합하여사용되는되는정보학를지원할수있습니다。chip-seq데이터를이용하여하여사인자인자하고하고rna-seq데이터를를분석하여차별발현유전자식별할수있으며미세배열배열터에서유전자복제수변이（CNV）변와단일염기변변변다형성（snp）을을할수질량분석데이터를이용하여단백질프로파일을분류수있습니다。
계산생명공학에대해더자세히알아보십시오。
시작하기：
BioInformatics Toolbox銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銇銈尾이툴박스를이용하면하면염기염기쌍수준의의해상도로계산수행하면서유전체를할수수ngs브라우저를이용하면단일말단또는쌍말단서열이용을용단편서열정렬을하고하고하고하고하고하고하고하고하고하고하고하고있습니다있습니다있습니다있습니다있습니다있습니다있습니다있습니다있습니다있습니다수수있듯예제에나타나이사용자지정지정분석루틴을구축할수도
단편단편서열정렬의의시각화및사
ngs브라우저를이용하여단편서열의정렬을하고하고사함함으로써유전자유전자하는유전자발현을측정하는보조보조수수ngs브라우저로다음과같은작업할할있습니다。
- 뉴클레오타이드참조참조염기서열에맞춰정렬한단편서열서열서열서열데시각
- 공통참조염기서열에맞춰정렬한다수의이터데데비교
- 참조참조염기서열의의서로다른및및영역의범위
- 정렬한정렬한서열의품질품질과기타세부정보사
- 염기염기확정오류또는또는다형성에불일치불일치
- 삽입및결손시각화
- 참조염기서열서열의특정특정과비교하여특징특징주석을검색
단일염기다형성（SNP）을굵게표시한ngs브라우저。여러데이터트랙트랙을표시，피크를살펴보고，삽입및결손을식별，서열서열의품질을사할할수。
단편서열데이터의의저장및
차세대염기서열분석에사용된데이터세트는너무커서물리메모리메모리담을담을없는없는경우경우경우경우경우경우가많습니다。BioInformatics工具箱는유전체전체를분석할수특수한데이터컨테이너를를제공제공
生物indexedfile.객체를이용하면염기，주석，데이터세트세트에대한참조등불균일한한크기항목들포함하는하는텍스트파일의접근할수수파일에접근할수테이블，플랫파일또는sam，fasta，fastq등의응용프로그램형식에서이런객체객체를생성할있습니다수수수수수수
Biomap.클래스는염기서열헤더，서열염기서열，품질점수，정렬에관한데이터，단일단일참조염기서열에대한매핑단편서열에서나온정보를저장저장저장저장객체객체메서드를이용하여生物映射객체에담긴이터를를，접근，선별，편집할있습니다。
미세배열정규화
Lowess，전역평균，중앙값절대편차（Mad），분위수정규화등다양방법을이용하여하여미세배열배열수수수정규수수수이러한방법방법을미세배열칩전체또는특정한영역또는블록에적용할수수블록적용적용할수필터링함수와대체를이용하면하면분석및시각화루틴실행하기전에에원시을실행하기전할수수수실행실행정리할수수
데이터분석분석및시각
BioInformatics Toolbox를이용하면하면배경조정을수행，RMA（鲁棒多阵列）와GCRMA（GC鲁棒多阵列）절차를이용용하여染色仪®미세배열프로브수준데이터로부터로부터（프로브세트）발현값을계산할수있습니다。원형이진분분（循环二进制分割）을적용하여cgh데이터를를하고，미세배열실험에서나온발현이터터에대한가설검정검정의오발견률을추정할수수수수수수수수여러yemymetrix cel파일에대한프로브강도대해，또는두가지실험실험조건나온유전자발현값에대해불변세트정규화를를수행수도수도수도
미세배열데이터를시각화하는데사용되는특수루틴에는볼케이노플롯，상자상자，로그로그로그로그，i-r플롯，미세배열의공간히트등이등이있습니다。g-분염패턴으로이디오그램그램을시각시각화수도수도
统计和机器学习工具箱™의루틴을이용하여결과를분류하고계층군집및k-평균군집화화를를수행수행하며하며하며하며하며데데데최적리프갖는그램그램그램，히트맵，주성분클러스터，분류등의의시각시각를표현표현수있습니다。
유의도대비유전자발현비율을표시하는배열데이터의볼케이노볼케
BioInformatics工具箱는질량분석데이터분석분석에활용할수있는을제공합니다제공제공제공이러한함수들을통해seldi，maldi，lc / ms，gc / ms데이터에대해및및분류생물지표식별식별수있습니다。전처리함수에는기준선조정，평활평활，보정，재추출이있습니다。M / Z축을이용하여하여원시스펙트럼이터를정렬하고하고하고하고하고데데데대해대해시간정렬을수행할수수수체류체류체류시간수수수수수여러여러개의스펙트럼스펙트럼을에그릴수수
스펙트럼，정규화하고，이어서및및학습를를하여를만들고잠재적생물지표를잠재수생물생물를식별할수생물생물지표를할수수생물생물지표를할있습니다수。
BioInformatics工具箱를이용한레이블없는단백체및사체분석
그래프이론및및시각
BioInformatics工具箱를이용하면기본그래프이론을희소희소행렬에적용할수수수수수상호작용지도，계층구조플롯，경로경로등그래프를，관찰，편집할수。그래프에서최단경로를파악및관찰，유방향그래프그래프순환이있는지있는지하고，두그래프사이의의사상관계관계를발견할수수수수
통계학습및시각화
Bioinformatics工具箱는다음과같은统计和机器学习工具箱의분류및통계학습알고리즘을이용합니다。
- 서포트벡터머신（SVM）및k-최근접이웃웃
- 교차교차검증실험을을설정하고다양한분류방법의성능측정하는하는
- 특징선택，매핑，계층구조플롯및표시를위한대화형도구
통계학습및시각화
유전자온톨로지
BioInformatics工具箱를이용하면matlab®에서유전자온톨로지데이터베이스에에액세스，유전자온톨로지주석파일구문구문선조，후손또는친족등온톨로지의집합얻을수있습니다。
염기서열정렬
이툴박스는는쌍단위염기，염기서열프로파일，다중서열정렬등서열분석위한함수，객체，메서드를제공합니다。여기에는다음이포함포함。
- Centerleman-Wunsch，Smith-Waterman，프로파일프로파일은닉마르코프모델알고리즘등국소및전역염기서열정렬을정렬을위한위한전역서열정렬을위한위한표준알고리즘알고리즘
- 점진적다중서열정렬
- 정렬정렬결과행렬의의시각적
- Pam，Blosum행렬군행렬군등의표준측정측정
- 공통공통서열계산및및서열로고
갤러리탐색（이미지3개）
염기서열유틸리티와통계학
BioInformatics Toolbox를이용하면염기서열을에에무료와이파이있게이해할수있습니다。다음을수행할수있습니다。
- 유전암호를이용하여dna나rna염기서열을아미노산서열로변환
- 염기염기서열에대한통계통계분석수행및염기서열내특정패턴
- 제한제한효소와단백질단백질분해효소적용하여염기염기서열에대한실리코소화수행또는또는시험서열서열위한위한임의임의의염기서열
- RNA염기염기서열의의최소자유에너지에너지에너지구조구조
염기서열시각화
BioInformatics工具箱를이용하여염기서열과정렬을화화수있습니다。Genbank특징이주석으로달린선형또는원형염기지도를를수있습니다。RNA염기염기서열의의차구조를시각시각화수수수대화형뷰어를이용하여하여쌍단위및다중서열정렬을탐색하고수정할수수
계통수분석
BioInformatics工具箱를이용하여하여계통수를만들고편집할수jukes-cantor，p거리，정렬정렬또는사용자정의등의다양한유사성행렬을이용하여하여，정렬되거나되거나정렬않은이드또는또는아미노산염기사이드쌍쌍단위거리를를할수수수근린결합，단일연결및완전연결，비가중중평균결합법（upgma）등다양한기법의계층을을이용을용계통수계통수를구축구축구축
이툴박스를이용하여하여에가중치를부여하고，뿌리를재결정，서브트리서브트리계산하고，계통수의표준형식을할수수수수。계통수뷰어를이용하면가지치기，순서변경및이름이가능합니다。하고거리를탐색하고纽克형식파일을읽거나쓸수수있습니다있습니다。MATLAB의주석도구를이용하여하여발표사용할수있는수준의계통수를수도수도
단백질특징분석
Bioinformatics Toolbox는원자원자，등전점，분자질량등이드염기염기서열의속성을계산루틴등단백질염기서열분석제공제공제공제공제공제공단백질염기서열의아미노산조성을하고，효소로단백질을쪼개고，pdb데이터에에대한뼈대및라마찬드란플롯을만들수수수수수수序列工具을이용하면아미노산염기서열의을관찰수있고있고를를이용하여하여하여하여하여용하여를편집할수있습니다수수할수있습니다수할수수있습니다수할수수
파일형식및데이터베이스터베
생물학생물학이터의의표준파일，온라인온라인이터베이스，사사이트등에액세스할수있습니다있습니다。Bioinformatics工具箱으로다음과같은이가능합니다。
- Fasta，PDB，SCF등표준파일파일에서서열데이터읽기
- Affymetrix DAT，EXP，CEL，CHP，CDF파일，Imagene®결과결과데이터，安捷伦®特征提取软件파일，genepix®GPR및gal파일등의파일형식에서미세배열이터데
- Genbank，Embl，NCBI Blast，PDB등의온라인데이터베이스에서에서이터터
- 단일명령으로ncbi基因表达式omnibus웹사이트에서직접이터가져오기
- ncbi이디오그램또는ucsc사이토밴드텍스트파일에서세포분염정보읽기
- MZXML및jcamp-dx파일에서질량분석데이터데
알고리즘공유및응용프로그램배포
MATLAB은사용자용자데이터분석분석프로그램사용자지정소프트웨어응용응용프로그램으로변환수있는도구를제공제공이러한도구에는사용자인터페이스，비주얼통합개발환경，프로파일러구축을위한개발에이있습니다。matlab응용프로그램배포제품이용사용자용자의matlab알고리즘을기존의c，c ++，java™응용응용과하고，개발된알고리즘과사용자지정이스를를독립된응용프로그램배포하며，matlab알고리즘을모든com기반기반프로그램에서액세스할수있는微软®.NET또는com구성요소로하고微软Excel®애드인을생성할수있습니다。
MATLAB을生物粉，肥皂기반웹서비스，COM플러그인등널리사용되는생물정보학도구와와통합할수수
알고리즘공유및응용프로그램배포
