我无法上传和查看。vff文件。有什么建议吗?

你好,

当我试图在3D中可视化我的。nii文件时，我一直得到这个错误。我试过使用2016b和2019b。我尝试了预编译C代码。我尝试过用调试器逐步调试代码，它甚至没有调用affine_transform_2d_double中的第一行或步进它。在此之前，我尝试过触发断点，它完全没问题。我已经检查了变量，它们似乎是正确定义和合理的大小。我真的不知道该怎么办……

错误使用affine_transform_2d_double
请求的1717986918800x1 (12800.0GB)数组超过了最大数组大小首选项。创建的数组可能大于此限制
花很长一段时间并导致Matlab变得无反应。有关更多信息，请参阅数组大小限制或首选项面板。

你好,

我试图上传一个。vtk文件，这似乎需要太长时间加载，并导致matlab冻结..
你知道是什么问题吗?
谢谢!

似乎永远需要上传MHA文件

为什么当我使用Viewer3D（v）时，我会得到全黑图像，适用于V的三维和4维值？任何解决金宝搏官方网站方案？

您好，感谢您提供此代码。我试图打开它，其中V是一个4-D文件以及DICOM (.dcm)文件。对于这两种情况，当我运行代码vol = render('Rhesus_Head_MPI.dcm')时，我得到一个如下所示的错误。我是非常新的matlab，所以请回答非常基本的术语。是否需要修改默认选项才能运行?

错误：
未定义函数或变量'affine_transform_2d_double'。

渲染>扭曲错误(第872行)
data.Iout = affine_transform_2d_double (data.Ibuffer, M, wi, data.ImageSize);

渲染错误(第202行)
data =经纱(数据);

非常感谢!
非常有用的可视化3d光片成像数据!

我试图打开brats .mha文件，但显示以下错误

错误使用fopen
第一个输入必须是文件名或文件标识符。

mha_read_volume错误(第28行)
fid = fopen (info.Filename”、“rb”、“ieee-le”);

在ReadData3D>loaddata错误(第379行)
data.volume =函数宏指令(fhandle data.info);

在ReadData3D>pushbutton_load_Callback错误(第365行)
loaddata ();

gui_mainfcn错误(第95行)
函数宏指令(变长度输入宗量{:});

ReadData3D错误(第70行)
gui_mainfcn（gui_state，varargin {：}）;

错误
matlab.graphics.internal.figfile.figfile / read> @（fhebject，eventdata）readdata3d（'pushbutton_load_callback'，frem，eventdata，guidata（fream））
使用uiwait时出错(第81行)
计算UIControl回调时出错。

请帮助任何帮助我的人

这个问题解决了。原始垫子文件的格式是第8单元。当我转换为double时，它就工作了。
多谢。

非常感谢你这么有用的东西。我从中受益良多。在我的研究论文中，我使用的是您的程序渲染的图像，您能告诉我如何引用您的作品吗?谢谢

任何人都可以告诉我如何分析以及如何展示MHA OMAGE？

我使用viewer3d(A)，其中A是我的双节读图像集，我得到的错误“样本值必须是一个单或双数组。
“。 请帮忙。

有什么方法可以读取赛格。NRRD文件里有你的代码吗?

提前致谢！

嗨，在我使用函数dicom_read_volume之后，我只会得到第一个切片......有这个问题的其他人吗？我无法获得3D音量，只是第一次切片。

我试图加载一个。vff，当我点击加载什么都没有发生?任何帮助吗?

谢谢！！！！！

很好的软件，我可以问如何自动设置ViewPoint？非常感谢

伟大的工作！

For those people just getting a black window, the way I solved it (I'm using 2016a) is first to click volume in viewer3d and select volume 1. Then click render and select the option that you want (e.g. colour, view x slice etc...). At least that seemed to solve the problem for me...

效果很好，有办法关闭绿色文本覆盖在图像上吗?

这对2016b不起作用，这是个黑窗。

我使用的体积是65片CT，它们在imshow3D中显示得很好，但作为分隔片，我试图将它们视为体积量，有人能帮助/建议吗?:）

我也得到了空白屏幕与R2015b。
然后我点击View3D中的卷，选择卷1.窗口仍然为空。
期待你的答复！
致以最亲切的问候

* Zhensen Chen，谢谢您指出R2014及以上的错误。
现在通过使UIPanel隐形来解决新版本。

我还使用了Matlab 2015b。当运行viewer3d时，窗口不会显示菜单栏(即有菜单:渲染，音量，配置，测量，段)和黑色图像在其显示区域。它们的解金宝搏官方网站是:1。右键点击鼠标，你会看到菜单栏;2.明确指定uipanel为viewer3d中坐标轴的父元素。M line 3093: data.subwindow(i).handles.axes=axes('parent'，data.subwindow(i).handles.uipanelmenu);然后您将看到可以显示图像的区域(轴)。

嗨德克，
我使用的是2015b。从原始数据文件(.raw)加载。8bit uchar，尺寸400x300x300。在查看器中选择Volume1。我已经设置窗口宽度窗口水平自动(127,255)。但是我什么也没看到(空白窗口)。
ps，我从另一个观众那里确认了我有正确的数据。

是否有可能使这个脚本与Matlab >=2015兼容?GUI有一个问题，它不能工作。有谁能帮忙吗?

伟大的工具。对于那些无法看到3D图像的人，单击View3D中的卷，选择第1卷。

只给出空白页，甚至样本数据。

OSX 10，MATLAB R2014B

我用R2015a运行程序，只给出空白页。即使是样本数据也不起作用。有人知道如何让程序运行吗?谢谢

工作很好，但GUI故障MATLAB 2015

GUI中有一个bug。它不能与MATLAB版本2015正常工作。

你好，
你能告诉我如何在viewer3d中打开。mat文件吗?

谢谢你的工作。
垫文件矩阵的大小是多少?
l x m x n？或l x m x n x o？

首先感谢分享代码

我想问个问题

我有dwi大脑图像。gipl格式。我想在。gipl图像上加上ROI，然后让ROI区域内的逻辑为1,ROI区域外的逻辑为0

如果有人知道怎么做，请帮助我

等待反馈

谢谢

它的工作原理。谢谢你！
我有一个问题。一体的身体可以帮帮我吗？！
我在冠状动脉血管造影中有一系列血凝块的图像。（这些照片来自不同的角度和不同厚度的凝块）.i希望处理这些二维图像以估计凝块的体积。请帮我！
太感谢了....

我想知道是否有可能提取体积数据渲染没有matlab查看器(plot)。有人能帮我吗?谢谢。

我也有2014年的黑屏。

感谢您提供这个易于使用的工具。我一直用MATLAB 2013a得到相同的黑色碎石。如果有人发现了这个问题，请让我们知道。

默罕默德

这看起来是个很好的工具;然而，我总是得到一个黑屏!!

我得到了GUI，但里面有一个黑屏!!

我使用的是Matlab版本R2013a。

有人可以让我了解可能是错误的吗？

谢谢提前

嗨德克，
非常好的软件。
可以改变背景色吗?比如说，从黑到白?
如果用于生成纸张的图像，应该如何引用？
摩根大通

这对我很有效。谢谢你！

评级按钮似乎不工作。如果可以，我会给它一个5星)

这看起来像一个非常整洁的工具，但我一直得到一个黑屏。我已经将我的路径设置为包括主文件夹viewer3d_version11中的所有文件夹。我已经加载了。mat文件CommandlineData.mat。然后在命令行中输入viewer3d(V)。我得到的GUI，但有一个黑屏内。我使用的是matlab版本2013a。谁能告诉我哪里出了问题?
谢谢

这很好。

对未来的一些建议。
1.）手动设置视点。甚至可能输出电影。
2.）手动设置α/颜色。拖拽非常麻烦。

嗨,德克
你的应用程序可以渲染多色卷(例如RGB)吗?
最好的

如何在3D视图中保持对比度?

伟大的计划;

我已经添加了一些镜像功能，所以它会自动创建镜像ROI。

不幸的是，我不能在MAC上编译它，使用llvm——twolevel_namespace -undefined error

你好，感谢这个很棒的软件。有没有可能把背景颜色从黑色改为白色?

漂亮的软件:)。我如何更改数字的标题?(我指的是操作系统窗口左上方的'viewer3d')

谢谢!

Dirk，请让我们知道如何设置数据集参数，如渲染体素大小。m函数。我想在使用你的渲染脚本中处理我的数据。m函数而不是您的viewer3d GUI。

提前致谢！

我如何改变体素大小，窗口宽度等从我的Matlab函数，而不是使用GUI每次一次?

嗨德克，

函数“[Mshear,Mwarp2D,c]= makehearwarpmatrix (Mview,sizes)”的例子在渲染。工作? ?谁知道呢? ?请在这里帮我....谢谢

我仍然是这个matlab的新东西。我有一个需要用mip投影的内插图像。但我如何去做这个mip？或者你能告诉我来自你的渲染的哪一部分是编程MIP函数？

提前感谢:D

我是dicom格式的新手。我有一份手腕CT切片的目录。我如何将它们全部读取到工具中以获得3D图像?

谢谢

如果Dirk-Jan有空闲时间，我希望他可以考虑执行命令:
1)重置旋转为北/南/东/西在顶部(或有一个领域，旋转，平移和缩放可以手动输入)。
2)将一个窗口中的旋转、缩放和平移应用到其他窗口(链接窗口之间的视图设置)
3)通过放置垂直于x/y/z的平面来裁剪数据立方体
4) 3D光标探测强度，同时显示位置。

我无法让体素大小函数工作。当我增加体素尺寸时，没有任何发生。有什么想法吗？

我想可视化一个3D *。mat数据与“viewer3d”，我首先试图可视化的“matlab mri图像”通过以下代码，但没有显示!
> >加载核磁共振
>> D =挤压（d）;
>>查看器3d（d）;

是什么问题?也许*有一种特殊的格式。垫子文件我不知道，请帮助我。谢谢。

哦，明白了……我想出了使用render()(而不是viewer3d)和相应的参数。

伟大的工具!
是否可以为来自命令行的电影生成多个TOF帧（并保存它们）？
据我所知，只有volume-data被指定为viewer3d的输入参数!?

．．.问题解决了!问题不在于代码，而在于我没有安装图像处理工具箱。哦。

我正在尝试在CentOS上运行此文件。我试图通过在正确目录中键入“查看器3d”（无引号）将“Viewer3d”（无引号）键入命令窗口来简单运行GUI。我收到以下错误消息：

？??未定义的函数或方法'imshow'输入参数的类型'uint8'。

错误在==> menubar>CreatMenuBar at 181
data.menuitems(我).HandleImshow = imshow (barimage,‘父’,data.menuitems(我).Handle);

错误在==> menubar>UpdateMenu在353
CreatMenuBar (uimenuhandle datahandle、Pos figure_handle)

错误在==>菜单栏在83
UpdateMenu (datahandle figure_handle);

错误在==> viewer3d>addWindowsMenus在3239
菜单栏

错误在==> viewer3d>addWindows在3098
数据= AddWindowsMenus（数据）;

错误在==> viewer3d>viewer3d_OpeningFcn在155
data = addwindows（数据）;

错误在==> gui_mainfcn在221
函数宏指令(gui_State。gui_OpeningFcn, gui_hFigure， []， guidata(gui_hFigure)， varargin{:});

错误在==> viewer3d在47
gui_mainfcn（gui_state，varargin {：}）;

我还尝试使用一些示例数据。我输入了帮助文件建议的命令:

负载(“ExampleData \ CommandlineData.mat”);
viewer3d (V);

我得到更多的错误:??使用==>加载时出错
无法读取文件ExampleData\CommandlineData。mat:没有这样的文件或目录。

我很困惑。我肯定在正确的目录下工作。了解吗?

很棒的代码。mha_read_volume在读取3-D变形字段(即向量字段)时可以稍微改进，方法是将第80行替换为如下代码:

if（〜Isfield（信息，'ElementNumberofChannels'））
v = Rehape（v，info.dimensions）;
别的
nchannel = str2double (info.ElementNumberOfChannels);
V =重塑(V， [nchannel info.Dimensions]);
结束

打开医学3d文件。
图像文件名称在文件夹中似乎包含患者名称。可能想要删除它:
其他\ P * * * * * * * *年代05 1603 \ 201 * * * * * * 9 \ 1.2.826.0.1

有一个版权免责声明吗？它可以用于研究目的吗？

你好....
当我尝试渲染一组DICOM文件的切片时，我有以下错误:

？??||和&&操作符的操作数必须可转换为逻辑标量值。

错误在==> viewer3d>LevelRenderImage在531
如果
((ndims (renderimage) = = 2) & & (data.volumes (dv) .WindowWidth ~ = 0 | | data.volumes (dv) .WindowLevel ~ = 0))

错误在==> viewer3d>show3d在394
renderImage1 = LevelRenderImage（data.subwindow（wsel）.render_image（i）.image，data，dvs，wsel）;

==> Viewer3d> Menu_ChangErender_Callback在3057中出现错误
show3d(假,真);

==> GUI_MAINFCN时出错96
函数宏指令(变长度输入宗量{:});

错误在==> viewer3d在47
gui_mainfcn（gui_state，varargin {：}）;

？??评估UIMENU回调时出错

你能帮助mee吗？

*我想转换*

我会把一个。mat文件转换成。mha文件。我可以用Viewer3d做到这一点吗?如果可以，怎么做?谢谢

伟大的工具..
2011年1月25日版本实现了一些有趣的新功能，但似乎也有一些bug:
1 - 查看器3d.m线2203：
data = maptvolumexy（数据）;
我把它改成:
data = makeVolumeXY(数据、dv);
因为我有一个错误之后

viewer3d (uint8 (my_data));
体积- 1
渲染器 - MIP.
config->quatily vs speed ->所有3个主要方向的存储容量(ON)->应用

？??输入参数“dvs”未定义。

错误in ==>查看器3d> 2227的maptvolumexy
data.volumes（dvs）.volumex = shiftdim（data.volumes（dvs）.volume，1）;

==>查看器3d> QualitySpeed_pushButton_applyConfig_callball in 2203
data = maptvolumexy（数据）;
<.........>

2-如果config GUI中2个复选框中的任何一个被启用并保存为'Save as default'，稍后>>viewer3d(uint8(my_data));
LEED到
？??引用不存在的字段“卷”。

==>查看器3d> 2237的excorpormals
(年度、外汇、fz) =梯度(imgaussian(双(data.volumes (dv) .volume), 1/2));

错误==>查看器3d> addonevolume在216
DATA = COMPORENORMALS（数据，NV）;

错误==>查看器3d> addvolume，183
data = addonevolume（数据，v（：：：：：：，i），尺度，信息，可编辑）;

错误在==> viewer3d>viewer3d_OpeningFcn在170
如果(isnumeric(V))， addVolume(V，[1 1 1]，info);结束

和…如果能够在函数调用....中指定渲染器和音量选择，那就太好了那些例行公事可能会很无聊。

* Haseeb
如果您在MATLAB命令提示符中有卷。
计算你的数据的倒数，例如:
V = max - V (V (:));
现在肺和背景的强度很高。
要给背景一个低强度，你可以使用像这样的东西:
[l，n] = bwlabeln（v> max（v（：））* 0.9）;
s = 0 (1, n);
i = 1: n, s (i) =总和(L: = =我);结束;
[t，i] = max（s）;
V (L = = i) = 0;

使用不同的数据集，我可以看到三维重建的dicom数据，所以问题解决了。有人知道我怎么能专注于CT扫描的肺部三维重建吗?虽然我得到了一个3D重建，但我能看到的只是肺周围的骨骼结构(胸腔，脊柱等)。有人知道我怎么解决这个问题吗?
谢谢,
Haseeb

我还使用了。mat文件
volume_image [512 x512x367双):
在这种情况下，我仍然出错，

？??未定义的函数或方法'max'为'struct'类型的输入参数。

错误在==> viewer3d>viewer3d_OpeningFcn在165
volumemax =双(max (V (:)));volumemin =双(min (V (:)));

错误在==> gui_mainfcn在221
函数宏指令(gui_State。gui_OpeningFcn, gui_hFigure， []， guidata(gui_hFigure)， varargin{:});

错误在==> viewer3d在47
gui_mainfcn（gui_state，varargin {：}）;

这意味着什么?我该如何解决这个问题?也许我制作。mat文件的方法是错误的。我使用了Ariel Balter开发的dicom23D功能。还有其他方法可以从Dicom文件生成。mat文件吗?
Haseeb

我发现在线帮助的位置，所以问题解决了。

嗨德克，
我有CT数据。这些文件没有扩展名。我如何使用这段代码来3D渲染和查看数据?你提到你已经在网上放了一个扩展的在线html帮助。我如何访问它?
谢谢提前

可以很好地处理一些样本数据集。这将是一个伟大的工作作为MPR切片查看器和测量工具，与中心和旋转手柄在每个正交的平面。似乎只能从基数轴来观察和测量，对吗?

*凯见
您可以在“Volume 1”的子菜单中更改像素缩放。

请注意，一个主要的改进版本(11)，将在今晚，或2011年1月26日可用。

很高兴看到新版本，很棒！但是当我读取一些MRI-DICOM-DATA时，它似乎有voxel大小错误错误。3D视图看起来如此平，就像一个2D图片一样。在早期版本（8）中，我可以使用菜单中的Voxel大小选项来定义正确的大小，但此时间似乎在最新版本中消失...

很好。我一直在寻找这样的东西。希望我有一天能够在Matlab中这样划分。多谢。

我正在使用matlab2009a。文件一开始是可以用的。但报告一些错误，如“??未定义函数或方法'viewer3d'的输入参数类型为'int16'。",很快!用“双”字或“单”字等都是一样的。为什么会发生这种情况?我太愿意解决这个问题了。谢谢你！

它现在很好用。谢谢你的辛勤工作。

*索元明，*娄兴华
最新版本9，有一个全新的c编码文件

它在Linux上工作得很好。不过，德克，你能不能帮我们看看怎么解决Windows系统的漏洞?这真是一个很酷的工具。如果这个错误被修复，它将会更好。我尝试使用Visual Studio作为编译器，Matlab仍然崩溃......

*兴华路,

谢谢你的评论。我认为崩溃是由MATLAB的（免费）LCC编译器引起的，如果安装Visual Studio（Express）版本，它可能会正常工作。

在Matlab中，这无疑是一个很好的可视化工具。

我发现了一个错误:Matlab在编译c mex文件后崩溃。我的Matlab版本是r2009a，操作系统是Win XP。

嗨德克，

你能根据测试数据和测试量添加一些快速的演示吗?

谢谢

大卫

嗨,德克,

这是一个很棒的工具。我实际上一直在努力找到一些代码，以将CT / MRI数据从不同的角度视为MIPS。我只能从正交角度管理它（无法弄清楚用于从任意角度渲染的算法）。这实际上很好地实现。

我想知道用透视而不是正投影来渲染MIP需要什么算法。我们在计划放射治疗时使用这些MIP图像(数字重建x线照片或drr)，它们通常以透视的方式显示，以模拟放射源和患者之间的距离。

另一个帖子也提到了一些关于模拟drr的内容。我想知道你能不能帮我找到算法
我需要抬起头来做这个。

谢谢,

位于Zubin。

另一个海报提到了一些关于使您视为DRR的观点的东西。

*凯见

如果你选择一个dicom文件从数据集与许多文件代表一个3D卷，然后程序也将自动加载所有其他文件来构建3D卷。

Dirk-Jan Kroon，谨致问候

嗨Dirk-Jan，

刚刚找到你的奇妙的Viewer3D。

我有一系列DICOM文件，其中包含大脑的MR切片图像。但“开放式医疗3D文件”选项每次都可以仅导入一个DICOM文件。

然后我尝试将3D数据读入Mathlab变量V，但是命令VIEWER3D(V, RENDERTYPE, SCALES)仍然不正确。

你能告诉我，人如何使用你的Viewer3d处理一系列切片dicom图像?

谢谢,
凯

嗨Dirk-Jan，
看看代码，它似乎不支持伪彩色金宝app
不先运行rgb2grayscale()的位图。然后，在3d体积上再次应用假着色的行为似乎没有成功地工作。这个功能可用吗?
谢谢,
安德鲁

*杰克逊沈

谢谢你的评论，我会看看malloc和mxMalloc…

好,再来一次!

然而,
1.我的电脑里的多线程不能正常工作。Matlab是冻结。(Matlab 2008b或以上，XP 32位，英特尔Core2四体，2GB内存)
2.内存泄漏…

在Matlab中使用malloc和free会导致内存泄漏。您必须使用mxMalloc和mxFree。

在matlab中输入"feature memstats"来监控内存。

期待看到你的下一个版本。

欢呼,

申坤沉

奥斯卡* SanEmeterioNateras
首先，您必须将数据加载到Matlab变量V中，在Mathworks上可以找到加载医疗格式所需的函数。

你好德克,

我想用你的代码打开一个nii文件和MRA img，我有，所以我可以做MIP。
我试图使用命令：
Viewer3d (v， ' mip '， [0.156, 0.29, 0.156]);
打开和运行查看器，但我不确定我应该把什么为'V'输入。
你能给我和榜样还是对如何工作的建议感谢。
~奥斯卡

*小王宁
如果您只有海上BlackBox启用自动对比度，因为那么您的值可能不会在0到2 ^ 16-1之间的范围内

嗨Dirk-Jan Kroon

我的卷数据是512*512*272 uint16为什么文件不工作?

ning谢谢

德克,

坚实的工作!

RENDER_MIP——updatebuffer函数——可以被修改来创建卷的DRR。你对此有何看法?

精彩的！我希望我在这6个月前找到了！

优秀的工作。谢谢分享!

杰出的！当我切换到不同的渲染模式时，有时会出现错误。谢谢你的这个应用程序。

太棒了!

*北京
它可以在大多数Matlab版本上运行，但不能在非常老的版本上运行，因为Matlab图形文件格式会随着时间的变化而变化，并且保存到一个较老的图形文件格式不太好。

必须在matlab 7.8版本中运行吗?我的matlab版本是7.0，可以吗?我甚至不能运行示例:load TestVolume;viewer3d(V)。是因为较低的matlab版本吗?谢谢. .

这是非常酷的员工。非常感谢

神奇的

*短剑Luengo
谢谢你的反馈，我将使用它在我的下一个文件更新。
(非各向同性显示，可由viewer3d(Image，[2 1 1])与[2 1 1]缩放完成)

非常好!但它不是很快。接下来，我将尝试旧的mex文件代码，看看它是否加快了速度。我尝试了一个1000x500x250像素的图像，发现渲染花费了30秒甚至更多。

一些建议：

不要在alpha颜色窗口中每次节点移动时都更新显示。相反，用一个“预览”按钮来更新渲染的图像。

-在激活模式(渲染和配置菜单)的菜单项旁边添加复选标记。

- 添加一个选项以输入非各向同性采样图像的像素间隔（3D成像中常见）

-将支持m文件放到主金宝appm文件中或放到私有/子目录中。这样开始就容易多了……

伟大的工具!谢谢!

明天(06-2008)将会有一个扩展HTML帮助的版本上线

*让Tinevez
TestVolume。垫的例子:
加载TestVolume;
viewer3d (V);

在MacOSX-Tiger, MATLAB 2008b & a上测试成功。

从命令行输入矩阵(例如viewer3d(I))时，工作绝对良好。

在尝试加载.mat文件时，我有很多错误（例如，演示中的2个），并将Tyhe鼠标放在窗口上。这是第一个

？??引用不存在的字段'histogram_positions'。

错误在==> viewer3d>createAlphaColorTable at 154
if（i

错误在==> viewer3d>menu_load_view_Callback在542
createAlphaColorTable ();

==> GUI_MAINFCN时出错96
函数宏指令(变长度输入宗量{:});

错误在==> viewer3d在50
gui_mainfcn（gui_state，varargin {：}）;

错误==>
guidemfile > @ (hObject eventdata) viewer3d (menu_load_view_Callback, hObject、eventdata guidata (hObject))

*乔奎姆
加载视图仅适用于通过保存视图创建的MATLAB文件。可以在菜单中找到一些帮助 - >帮助，以及控制台窗口中的帮助功能。

好吧
抱歉，我在函数的帮助部分找到了一些帮助。

德克,
对于如何使用它，绝对没有任何帮助。当我尝试“加载视图”时，会出现无数的错误。