文件交换

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显微镜图像浏览器2（MIB2）

版本2.8020（67.4 MB）通过 伊利亚贝雷维奇
MIB2是用于多维（2D-4D）显微镜数据集的分割的更新包
5.0
3个评分

39下载

更新202年6月20日

来自GitHub.

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使用MIB2，您可以从光镜和电子显微镜分析、分割和可视化各种多维数据集。MIB2被完全重写，以遵循MVC架构，并在许多新特性中带来了额外的稳定性。
查看MIB网站的更多详细信息和教程： http://mib.helsinki.fi.
我想肯定Matlab的文件交换的用户群体，特别是其功能的程序的开发过程中使用的作者：
http://mib.helsinki.fi/acknowledgements.html.
MIB版本1可从此获得 http://se.mathwands.com/matlabcentral/fileexchange/56481-microscopy-image-browser--mib- 推荐使用Matlab版本:R2011a - 2014a
可以从带视频教程的所有功能列表 http://mib.helsinki.fi/features_all.html.
特点:
  • 金宝app支持2D-4D数据集（x，y，c，z，t）
  • 最多9个同时打开的数据集
  • 每个数据集的边界框
  • 通过插件可扩展
  • 执行操作的日志
  • 定制撤消系统
  • 可定制的键盘快捷键
  • 彩色友好颜色方案
  • 兴趣区
  • 用于处理大于可用内存的数据集的虚拟堆叠模式
  • 批处理模式
数据导入/导出
  • 直接导入/导出与Matlab，斐济,伊万里瓷器和系统剪贴板
  • 从omero服务器直接导入和URL链接
  • 加载和保存到TIF，阿米拉网，JPG，斐济BigDataViewer，HDF5，MRC，NRRD，PNG格式
  • 负载高达100种不同的图像和视频格式
  • Microsoft Excel（导出）进行量化
  • 重命名和公正的分类和分割洗牌工具
量化和统计数据
  • 对象：面积（2D / 3D）
  • 对象:ConvexArea (2 d)
  • 对象：曲线长度（2D，像素和图像单位）
  • 对象：偏心（2D）
  • 对象：赤道偏心（3D）
  • 物体：Equif Diameration（2D）
  • 对象：欧拉号码（2D）
  • 对象：范围（2D）
  • 对象:填充区域(2D/3D)
  • 物体：孔区域（2D / 3D）
  • 对象:端点之间的长度(2D/3D)
  • 物体：主轴长度（2D / 3D）
  • 对象：经向偏心率（3D）
  • 对象：方向（2D）
  • 对象：周边（2D）
  • 对象：第二轴长度（2D / 3D）
  • 对象：坚固性（2D）
  • 对象：第三轴长度（3D）
  • 强度：相关性（2D / 3D）
  • 强度：最大（2D / 3D）
  • 强度：平均值（2D / 3D）
  • 强度：最小（2D / 3D）
  • 强度：标准偏差（2D / 3D）
  • 强度：总和（2D / 3D）
测量
  • 角度
  • 卡钳
  • 圈子，半径
  • 手绘距离和强度剖面
  • 线性距离和强度剖面
  • 折线距离和强度剖面
  • 立体学
  • 伤口愈合测定
分割工具
  • 3D球（3D）
  • 3D线（3D）
  • 带有值的注释
  • 画笔工具(2 d)
  • 2D Superpixels的刷子工具（SLIC，流域）
  • 黑白阈值的工具（全球性的，局部的，自适应; 2D / 3D）
  • 火车和预测的深卷积神经网络
  • 扩张(2 d / 3 d、差)
  • 拖&下降
  • erode（2D / 3D，差异）
  • 填充孔（2D / 3D）
  • 框架选择工具
  • Frangi管状过滤器（2D / 3D）
  • 基于GraphCut的半自动分段（2D / 3D）那
  • 套索工具（2D / 3D）
  • 魔杖工具（2D / 3D）
  • 膜点击追踪工具（2D / 3D）
  • 形态学操作（分支点，对角线填充，终点，骨架，刺，薄，终极侵蚀）
  • 对象选择器（2D / 3D）
  • 定量滤波（2D / 3D）
  • 随机森林分类器（2D / 3D）
  • 形状和线条插值(3D)
  • 平滑（2D / 3D）
  • 现货工具（2D / 3D）
  • 分水岭用于自动图像分割和对象分离（2D / 3D）
分割工具
  • 3D球（3D）
  • 3D线（3D）
  • 带有值的注释
  • 画笔工具(2 d)
  • 2D Superpixels的刷子工具（SLIC，流域）
  • 黑白阈值的工具（全球性的，局部的，自适应; 2D / 3D）
  • 火车和预测的深卷积神经网络
  • 扩张(2 d / 3 d、差)
  • 拖&下降
  • erode（2D / 3D，差异）
  • 填充孔（2D / 3D）
  • 框架选择工具
  • Frangi管状过滤器（2D / 3D）
  • 基于GraphCut的半自动分段（2D / 3D）那
  • 套索工具（2D / 3D）
  • 魔杖工具（2D / 3D）
  • 膜点击追踪工具（2D / 3D）
  • 形态学操作（分支点，对角线填充，终点，骨架，刺，薄，终极侵蚀）
  • 对象选择器（2D / 3D）
  • 定量滤波（2D / 3D）
  • 随机森林分类器（2D / 3D）
  • 形状和线条插值(3D)
  • 平滑（2D / 3D）
  • 现货工具（2D / 3D）
  • 分水岭用于自动图像分割和对象分离（2D / 3D）
图像处理
  • 在数据集周围添加框架
  • 结盟
  • 亮度，对比度，伽玛调整
  • 将大数据集切碎再切碎到更小的数据量
  • Content-aware填补
  • 对比度受限的自适应直方图均衡化
  • 颜色模式更改（深度，颜色类型）
  • 颜色频道操作（添加，复制，删除，反转，旋转，换档，交换）
  • 庄稼，调整大小,抛，旋转，转移
  • 裁剪2D / 3D对象到文件
  • 碎片移除
  • 图像算法
  • 图片过滤器
  • 沿Z / T强度归一化（完成切片，蒙面区域，背景换档）
  • 选定区域内的强度替换
  • 倒置
  • 切片操作:插入、复制、删除
  • 强度投影和焦点堆叠
  • 形态学操作
可视化
  • Orthoslices（XY，ZX，ZY Planes）
  • 卷渲染（硬件）
  • 卷渲染（软件）
  • Matlab Isosurfaces的模型
  • 模型和体积与斐济3D查看器
  • 用imaris的模型和卷
  • 将模型导出到IMOD
  • 将模型导出到Amira
  • 导出模型到3D切片机
  • 导出模型和卷到Matlab卷查看器
  • 以STL格式导出模型

引用

伊利亚贝瑞奇（2021年）。显微镜图像浏览器2（MIB2）（https://github.com/ajaxels/mib2），github。检索到。

Belevich，Ilya，等。“显微镜图像浏览器：多维数据集分割和分析的平台。”Plos生物学，Vol。14，不。1，公共科学图书馆（PLOS），2016年1月，p。E1002340，DOI：10.1371 / journal.pbio.1002340。

查看更多风格

Belevich，Ilya和Eija Jokitalo。DeepMib：用于培训生物图像分割的深度学习网络的用户友好和开源软件。冷泉港实验室，7月2020年7月，DOI：10.1101 / 2020.07.13.200105。

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评论和评级（3.）

Ekaterina Sidorenko

amir mokhtare.

swpu_hpc_zy.

MATLAB版本兼容性
用R2021A创建
兼容R2014b及后续版本
平台兼容性
视窗 苹果系统 Linux.

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班级

类/ @标签

Classes / @ Lines3D

类/ @ PoolWaitbar

类/ @ ToggleEventData

类/ @ mibAboutController

类/ @ mibAlignmentController

Classes / @ MibannotationsController

类/ @ mibbatchController

Classes / @ MibboundingBoxController

Classes / @ MibchildView

类/ @mibChopDatasetController

类/ @ mibController

Classes / @ MibcropController

类/ @ mibcropobjectScontroller

类/ @ mibdatasetinfocontroller

类/ @ mibDebrisRemovalController

类/ @ mibdeepcontroller

类/ @ mibdeepController /备份

Classes / @ mibdragndropcontrol

类/ @mibExternalDirsController

类/ @ miggraphcutController

Classes / @ Mibhisthrescontroller

类/ @ mibImage

类/ @ mibimageadjcontroller

Classes / @ MibimageAreithicController

类/ @mibImageFiltersController

类/ @ mibimagemorphopsController

Classes / @ MiBimageselectFrameController

课程/ @ mibimageodo

Classes / @ MiBimportomeroController

类/ @ mibkeyshortcutscontroller

Classes / @ miblines3dcontroller

Classes / @ MibloglistController

Classes / @ mibmakemovieController

类/ @mibMeasure

类/ @ mibmeasuretoolController

类/ @ mibmembranedetectionController

类/ @ mibModel

类/ @ mibmorphopsController

类/ @ mibObjSepController

类/ @mibPreferencesAppController

类/ @ mibpreferencescontroller

类/ @ mibRandomDatasetController

类/ @ mibrandomrestoredataSetController

Classes / @ mibrechopdatasetController

类/ @ mibreesamplecontroller

类/ @ mibroiregion

类/ @ mibsnapshotcontroller

类/ @ mibstatisticsController

Classes / @ MibstegicalController

类/ @ mibsupervoxelclassifierController

Classes / @ MIBTIPSController

Classes / @ MibupdateCheckControler

Classes / @ MIBVIVE

类/ @ mibvolrencontroller

Classes / @ MiBwatershedController

类/ @ mibwoundhealingassayController

Classes / @ VolrenAmationController

开发/ mibPluginGUI_ver1

开发/ mibplugingui_ver2_batch_compatible.

开发/ mibPluginGUI_ver3_appDesigner

开发/ mibplugin_withoutgui.

GuiTools

吉他/ volren.

importexporttools.

ImportExportTools / Amira.

ImportExportTools / Bioformats.

ImportExportTools / Bioformats /私人

importexporttools / fiji.

ImportExportTools / HDF5

importexporttools / imod.

importexporttools / imod / @ imodchunk

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ImportExportTools / IMOD中/ @ImodContour

ImportExportTools / IMOD / @ ImodContour /私有

importexporttools / imod / @ imodmesh

ImportExportTools / IMOD中/ @ImodMesh /私有的

importexporttools / imod / @ imodmodel

ImportExportTools / IMOD / @ ImodModel /私有

importexporttools / imod / @ imodobject

importexporttools / imod / @ imodobject /私人

ImportExportTools / IMOD / @ MRCIMAGE

ImportExportTools / IMOD / @ MRCIMAGE /私人

ImportExportTools / IMOD中可视化

importexporttools / imaris.

importexporttools / imaris / @ Iceimarisconnector

ImportExportTools / MatTomo / @ ImodChunk

ImportExportTools / MatTomo / @ImodChunk /私有的

importexporttools / mattomo / @ imodcontour

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ImportExportTools / MatTomo / @ImodMesh

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ImportExportTools / Mattomo /可视化

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importexporttools / export_fig.

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