Ecopath的Matlab实现

作者:凯利卡尼

这个软件包提供了一个基于matlab的Ecopath算法(流行的渔业生态系统建模工具的一部分)的实现带Ecosim的Ecopath)，以及一些进一步分析和可视化ecopath风格的食物网的功能。

本软件适用于已经熟悉Ecopath概念的人员，他们希望在原始EwE软件提供的GUI环境之外执行特定计算以及食品网特性的相关分析。它假定有Matlab的基本工作知识。

如果您在研究中使用此代码，请引用以下内容：

K.A.Kearney，“ecopath_matlab：基于matlab的ecopath食物网络算法实现”，《开源软件杂志》，第2卷，第9期，2017年。

开始

先决条件

这个软件要求Matlab R2015b或更高版本(除了图形方法以外的所有方法在R2014b或更高版本中都应该是可用的)。它还需要统计和机器学习工具箱．

除了Matlab本身所需的限制外，没有其他操作系统限制。

目前，此软件包与Octave（v4.0.3）不兼容。

下载

Git用户可以直接克隆:

git克隆git@github.com: kakearney / ecopath_matlab-pkg

或者，您可以通过下载源代码的压缩版本克隆或下载>下载zip按钮上面，还是从ecopath_matlab进入MatlabCentral文件交换。File Exchange条目每天都会从这个存储库更新。

安装

下面的文件夹需要添加到您的Matlab路径(通过路径工具，目录等):

ecopath_matlab-pkg / ConsoleProgressBar ecopath_matlab-pkg /总ecopath_matlab-pkg cellstr2 ecopath_matlab-pkg / cprintf ecopath_matlab-pkg / ecopath_matlab ecopath_matlab-pkg / legendflex ecopath_matlab-pkg / readtext ecopath_matlab-pkg / regexpfound ecopath_matlab-pkg / setgetpos_V1.2 ecopath_matlab-pkg / wraptext

包内容

的生态疗法模型类

该软件包以自定义Matlab类为中心，生态疗法模型.一个生态疗法模型对象包含与单一生态系统食物网相关的典型输入参数;该方法提供了计算Ecopath质量平衡的函数。

构造函数的总结

• 生态疗法模型:创建一个ecpathmodel对象

财产摘要

• 直流:膳食组成数据表
• df:碎屑命运表
• 丢弃:渔业废弃物表
• discardFate：命运表
• 舰队:对应模型中每个渔具/船队的名称
• groupdata：组相关参数表
• 着陆:渔业登陆表
• 名称：对应于模型中每个组的名称
• ngear:模型中的渔具/船队数量
• ngroup:模型中活的和碎屑的组数
• nlive：模型中的活菌群数量（非有害）
• 纯种:应用于参数的系谱值表
• 节:每个多节集对应的名称
• stanzadata:多节集相关参数表

方法总结

• 加氏谱系：向谱系表添加条目
• 卡尔斯坦扎：计算多节Ecopath组的B和Q/B值
• checkstanza：填写（或验证）节的B、QB和BA值
• combinegroups：在ecopathmodel对象中合并组和/或震源组
• 创作合奏：构建生态路径模型参数的集合
• displaybasic:打印ecopath结果进行筛选
• ecopath:重写Ecopath算法
• getpedigreevals:提取与谱系条目相对应的值
• 图:将ecpathmodel对象转换为一个图表对象
• 网络索引:计算生态网络指数
• 分类：对ecopathmodel对象中的组和震源组进行排序
• sortbytrophic：按营养级别对ecopathmodel对象组进行排序
• stanzaindices：按年龄顺序提取节组的索引
• subpedigreevalues:替换基于系谱的ecopathmodel中的值
• unitconvert:转换参数值的单位

附加功能

下面提供了一些附加功能生态疗法模型类，包括用于数据导入和导出的函数，以及由生态疗法模型类方法，但也可以由用户独立调用:

• ecopathmodel2rpath:打印ecpathmodel数据到逗号分隔的文件
• editstanzacalcs:复制Ecopath的多节计算
• mdb2ecopathmodel:从EwE6数据文件中创建ecpathmodel对象
• 网络索引：计算食物网的网络索引
• rpath2ecopathmodel:从Rpath数据文件中创建ecpathmodel对象
• 滋养层：估计食物网成员的营养水平

使用

本软件包中每个函数和方法的文档通过标准Matlab函数头提供，在Matlab中通过帮助命令。参考页生态疗法模型类（包括指向所有属性和方法描述的链接）可以通过在Matlab命令窗口中键入以下内容来访问：

医生生态疗法模型

关于该类的概述，以及几个用法示例，请参阅概述文档:ecopathmodel_overview.m。可以在中找到此文件的发布版本html / ecopathmodel_overview.html．

如果您在科学出版物中使用此代码，请引用《使用开源软件期刊文档》论文（参见上面的JOSS badge链接）。

贡献

欢迎社区对本包的贡献!

要报告错误，请提交一个问题在这里，包括：

• 您的操作系统
• 你的Matlab版本和所有相关工具箱(类型版本在Matlab命令行中获取此信息)
• 用于再现错误或错误行为的代码/数据，以及收到的任何错误消息的全文

请随时提交增强请求，或发送错误修复或新功能的请求。

我确实监控了MatlabCentral FileExchange条目的评论中提出的任何问题，但更喜欢在GitHub这里跟踪问题。

关于版本的说明

我保持这个软件的标签版本只用于引用目的。对代码的实际改进会随着问题的出现而不断进行，并且不会用版本号进行标记。我的编号系统大致是:

• 0.x:ecopathlite.m处于婴儿期，适合我的博士论文工作。
• 1.x：最稳定的ecopathlite.m代码套件（在GitHub上作为ecopathlite-pkg).我计划保留该代码，以实现向后兼容性和以前的引用目的，但不再对其进行任何更新。
• 2.x:重写了ecopathlite。M及其配套函数与面向对象的方法;重新组织，完整的文档，现在打算让其他人充分使用。

我在2015年5月开始同步GitHub存储库和MatlabCentral文件交换(FEX)条目;FEX将该条目标记为“1.3”。在此点之前，FEX上的版本号是由MatlabCentral自动分配的，与GitHub回购中的标记版本不匹配。如果你需要引用一个特定的版本，请只使用GitHub标记的版本号，而不是FEX版本号。如上所述，引用这段代码的首选方法是引用它的配套文档论文(参见上面的JOSS徽章)。