一个用于单细胞RNA-seq数据分析的Matlab工具箱
介绍
动机单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术彻底改变了生物医学研究的方式。它为研究细胞异质性和基因表达变异性提供了一个前所未有的分辨率。然而，由于数据的稀疏性和高维性，分析scRNA-seq数据具有挑战性。
结果:我开发了scgeatoolbox -一个用于scna -seq数据分析的Matlab工具箱。它包含了数据归一化、特征选择、批量校正、归一化、单元聚类、轨迹/伪时间分析和网络构建等功能，可以组合和集成来构建定制工作流。虽然大多数函数是在Matlab中实现的，但提供了包装器函数，允许用户调用用Matlab或其他语言开发的“第三方”工具。此外，scgeatobox配备了由App Designer生成的复杂图形用户界面(gui)，使其成为一个易于使用的应用程序，用于快速数据处理。
可用性：https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox
在MATLAB安装:
disp（＇安装scGEAToolbox……＇）解压缩（＇https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/archive/master.zip＇）;目录（＇。/ scGEAToolbox-master＇）;
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引用
Cai JJ．scgeatobox:一个用于单细胞RNA测序数据分析的Matlab工具箱。生物信息学．2019; btz830。doi: 10.1093 /生物信息学/ btz830
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