丽属
丽属（发音猎豹;以前Calcium一世法师一种是一个分析单光子和双光子钙成像数据集的软件包。
目前需要MATLAB并可在所有主流操作系统上运行(Windows、Linux[例如Ubuntu]和macOS)。
完整的文档at.https://bahanonu.github.io/ciatah/。
以下是希望了解有关钙成像分析/实验和CIATAH管道的用户的录音和额外文件。
网络研讨会
本次网络研讨会将概述钙成像分析(以CIAtah为重点)以及改进实验和分析的技巧:https://info.inscopix.com/inscopix-inspire-view-webinarbiafra-ahanonu-signal-in-the-noise-distinguishing-relevant-neural-activity-in-calcium-imaging。
车间教程
此录音概述设置和使用CIATAH：https://www.youtube.com/watch?v=i6abw3uujjw。
蹦蹦器
一种帮助将梯度折光指数(GRIN)晶状体探头植入大脑或其他区域的外科设备:https://github.com/bahanonu/GRINjector。
内容
联系人:Biafra Ahanonu，PHD（GitHub [AT] Bahanonu [Dot] Com）。
美国制造。
丽属特点:
- 具有不同模块的GUI，用于大规模批量分析。
丽属函数(在ciapkg/+ ciapkg文件夹)可用于创建无gui、命令行就绪的分析管道。- 包括所有主要的钙成像分析步骤:
- 包括用于测试的一个和双光子钙成像数据集
丽属。 - 金宝app支持一流的主要成像电影文件格式：HDF5，NWB，AVI，ISXD [INSCOPIX]，TIFF和Bio-Formats兼容的格式(奥林巴斯[OIR]和蔡司[CZI和LSM]目前，附加支持添加或根据要求)。金宝app
- 金宝app支持Neurodata无国界数据标准（见钙成像教程）阅读/写入单元提取和成像电影文件。
- 动物位置跟踪(如在野外试验中)。
- 需要
MATLAB并可在所有主流操作系统上运行(Windows、Linux[例如Ubuntu]和macOS)。
CIAtah例子特性
金宝app支持整个钙成像管道。
电影处理，细胞提取和分析验证。
电影处理，细胞提取和分析验证。
单元格排序GUI和稳定的单元格对齐跨成像会议。
快速入门指南
下面是快速开始使用的步骤丽属MATLAB软件包。
下载并安装丽属
- 克隆这一点
丽属存储库(使用GitHub桌面或命令行)或下载存储库zip和unzip(例如在MATLAB命令下运行)。- 将MATLAB路径指向
丽属根文件夹(不@ciatah.存储库中的子文件夹）。 - 或者（由于LAG GitHub存储库以来不推荐），从中下载包
文件交换使用MATLAB中的Add-Ons浏览器。看到丽属进入：或//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/75466-calciumimaginganalysis.。
- 将MATLAB路径指向
％可选:这将设置MATLAB工作文件夹为默认用户路径。确保您有读/写权限。尝试;cd(userpath);抓;结尾;％下载并解压缩当前存储库解压缩（'https://github.com/bahanonu/ciatah/archive/master.zip.')；％将CIAtah作为工作文件夹cd（'ciatah-master'）
检查所需工具箱的安装情况
丽属取决于几个MATLAB工具箱正常运行。运行以下命令拥有丽属检查依赖项是否已正确安装。如果不使用附加组件（//www.tatmou.com/help/matlab/matlab_env/get-add-ons.html)资源管理器来安装每个工具箱。
ciapkg.io.matlabToolboxCheck;
设置丽属
- 运行
丽属使用下面的MATLAB命令。调用obj;在MATLAB命令窗口，每次你想回到主GUI。注意:calciumImagingAnalysis班现在被称为丽属，所有功能都是一样的。
％将类加载到对象中，以便在此会话中使用obj=ciatah;％运行例程来检查依赖关系并帮助用户安装。obj.setup;％打开类菜单(总是键入' obj '然后输入载入类/模块菜单)obj％然后点击输入，没有分号！
- 之后，运行
modelAddNewFolders模块以添加当前的数据文件夹丽属类对象。 - 运行
obj;在命令窗口中查看主GUI。 - 完整的文档at.https://bahanonu.github.io/ciatah/。
- (可选)Windows系统上的用户可以下载
一切（https://www.voidtools.com/)．它是一个非常有用和非常快速的文件和文件夹搜索引擎，允许用户快速获得完整的文件夹路径列表进行分析丽属。 - (可选)如果在使用CIAtah/MATLAB打开某些AVI文件时遇到问题(例如由于编解码问题)，请安装
K-Lite编解码器包（https://codecguide.com/download_kl.htm)或类似的附加支持。金宝app
可视化电影快速使用从磁盘读取
用户可以使用使用的任何支持格式（HDF5，NWB，AVI，TIFF和ISXD）快速可视化电影金宝appplayMovie函数。这将直接从磁盘读取，允许用户滚动帧来视觉检查电影之前或之后的处理。
使用丽属GUI类中，用户可以选择已加载的文件夹，并更改正则表达式以匹配电影中的文件名称，无论是对原始数据还是对文件夹中任何已处理的电影。见下文:
或者，用户可以通过命令行运行：
％使用电影文件的绝对路径或有效的相对路径。playMovie（'绝对\ path \ to \电影')；
使用HDF5文件时，请检查包含电影的数据集名称H5DISP.然后输入完整的数据集名称(例如下面是一个标准的nwb格式的HDF5文件):
playMovie（'绝对\ path \ to \电影'那'inputDatasetName'那'/采购/ TwoPhotonSeries /数据')；
快速启动(命令行或无gui批处理分析)
在下载丽属并运行上面的设置，对命令行处理感兴趣的用户可以通过运行下面的命令打开示例m文件。通过运行单个代码块单元格，可以指导用户从预处理到单元格提取再到跨会话分析。
编辑ciapkg.demo.cmdLinePipeline
致谢
感谢Jones G. Parker博士(https://parker-laboratory.com/）在开发期间提供广泛的用户反馈丽属软件包。
额外感谢Drs。Jesse Marshall，JérômeLecoq，Tony H. Kim，Hakan Inan，Lacey Kitch，Maggie Larkin，伊丽莎白Otto Hamel，Laurie Burns和Claudia Schmuckermair提供反馈，特定功能或帮助开发所用代码的方面丽属。
参考
请引用Corder*， Ahanonu*， et al. 2019科学出版或Ahanonu 2018Zenodo如果你使用这个库中的软件包或代码来推进/帮助你的研究:
@Article {corderahanonu2019amygdalar，title = {Amygdalar神经集合编码疼痛的不愉快}，作者= {Corder，Gregory和Ahanonu，BiaFra和Grewe，Benjamin F和Wang，Dong和Schnitzer，Mark J和Scherrer，Gr {\ 'e}gory}， journal={Science}， volume={363}， number={6424}， pages={276—281}，year={2019}， publisher={美国科学促进会}}
问题吗?
请将资料库中未涉及的其他问题电邮至Github [at] bahanonu [dot] com或者打开一个问题。
执照
版权所有(C) 2013-2021
这个项目是在麻省理工学院许可条款下许可的。
存储库统计数据
引用作为
比夫拉Ahanonu(2021)。丽属GitHub (https://github.com/bahanonu/ciatah/releases/tag/v3.35.1)。检索。
