在此视频教程中,我们将看到如何用素质构建模型,更具体地,更具体地说,如何定义微分方程。
SimBiology允许您将模型定义为作为自动导出替代微分方程的反应网络。您可以以编程方式构建模型,或使用“模型构建器”应用程序,提供框图编辑器以交互方式构建模型。您将在Matlab应用程序类别中找到模型构建器。
您在中间看到的图表不仅是模型的图形表示,而且是模型本身。该模型由两个隔室组成 - 目标介导的PK部分的直接处置模型,以及具有抑制PG部分的关节的间接响应模型。
PK部分被建模为一组反应,该反应描述了所涉及的过程,例如通过受体的引导,消除直接受体和复合物的消除,受体的合成,以及在中央和中央之间的直接运输外围舱。
我们通过在所谓的速率规则中直接编写其ode来定义PD动态。
所以我们现在看到如何构建这种模型。通过创建空白模型,我们将从划痕开始。此新创建的模型默认包含一个隔间,因为每个模型必须包含至少一个隔间。隔室是一个良好的混合容器,其特征在于其空间维度 - 通常,其体积。
既然选中了此隔间,您会看到具有此特定组件的属性填充的属性编辑器。所以让我们重命名它的中心并定义其单位。
默认情况下,隔间的卷是常量的,但它也可能随时间变化。隔间还可以包含其他隔室,例如这种细胞质可含有核。
现在让我们添加外围舱。为此,我将从块库中拖放一个隔间并修改其属性。
现在让我们添加一个状态变量,这些变量被称为SimBiology的物种。物种可以代表代谢物,蛋白质,受体的动态状态 - 无论是什么都包含在模型中 - 必须以浓度单位或数量定义。
所以让我们拖放四种物种。拖动中央隔间中的受体复合物,并拖动外围舱。物种必须在一个隔间内具有唯一的名称,但它们可以将与另一个隔间的其他物种共享相同的名称。
我们可以通过按shift键来选择多个物种,同时改变一个共同的属性,比如单位。我们还可以将二进制条件设置为true。在这种情况下,物种不会被它所参与的反应所改变。它们仍然可以通过事件、规则或剂量进行修改。
常量属性或常量值属性也可以设置为true。在这种情况下,物种在模拟期间可以变化。
现在让我们添加反应。反应描述反应物和产物之间的过程,如转化,运输和结合。下载188bet金宝搏
为了添加反应,第一个选项是拖动和丢弃反应块。现在,您可以按控制并将一条线从物种中拖动到反应,以将其定义为反应物。如您所见,反应方案在属性编辑器中自动更新。
同样,您可以将一条线拖到物种的反应中,以将其定义为该反应的产物。默认情况下,反应将具有动态的大规模行动,其参数将自动创建。您可以更改首选项中的默认行为。例如,我可以决定自动创建参数。
反应可以是可逆的。在这里,我们需要添加新的解离常数。一旦定义了动力学和参数,偶数衍生的方向率自动。您还可以将动态流设置为名词并写出自己的自定义反应速率。
创建反应的第二个选项是将一条线从一个物种拖到另一个物种,并且素质生物学将在其中产生反应。
现在我们定义这个反应是可逆的并定义它的参数。反应并不一定需要反应物和生成物。下载188bet金宝搏它们只能在合成的情况下有产物,或者在消除的情况下只有反应物。
让我们为受体实施这一点。如果我们添加反应并使其成为受体,您可以看到反应方案现在包含空,这是SimBiology的关键词。
此外,您可以直接在属性编辑器中编辑方向方案,并且通过添加一行将更新图表更新图。物种也可以是反应物和产品。在这种情况下,其浓度的直接混合不会受到反应的影响,并且其与反应的链接将在使用虚线的图示上示出。这对于酶促反应的情况是有用的。
到目前为止,我们在定义反应时直接创建了参数。我们还可以使用模型浏览器中的列表定义参数或任何其他组件。我们将使用参数列表来创建所需的参数,我们需要进行间接响应,Kin,IMAX,IC50和Kout。
我们还将将响应r定义为参数,因为r是无量纲的。请记住,物种必须是浓度或金额。并且这很好,因为参数可以是非常数,并且它可以通过速率规则来定义其动态。速率规则有助于您指定参数值,物种数量或隔间容量的时间导数。
该应用仅显示一个参数块,仅针对ode的左侧,自然中断方程或由事件修改的参数块。
我们现在可以显示表达线以显示该等式对等离子体中直接浓度的依赖性。它将向我们展示一条短划线。
由于我们在我们的系统中定义了所有单位,因此建议在与此模型关联的模拟设置中激活单元转换。然后,SimBiology将所有数量转换为一个一致的独特系统,以便解决将结果返回到用户指定的单位的方程式。
一旦我们准备就绪,我们就可以使用模型评估工具来验证我们的模型。
我们现在可以使用大规模模式原理可视化从我们图中派生的微分方程。
这本教程得出结论。在下一个视频中,我们将看到如何将代数方程添加到我们的模型中。
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