使用。获取有关用于构建相应索引文件的引用序列的信息bowtie2inspect．如果在运行该函数时没有安装用于领结对准器的生物信息学工具箱接口支持包，则会出现错误消息。金宝app单击提供的链接从Add-on菜单下载包。

bowtie2inspect (“Dmel_chr4”，“Dmel_chr4_retrieved.fa”）;

默认情况下，输出文件Dmel_chr4_retrieved.fa包含用于构建索引的引用的实际序列。

您还可以获得关于引用名称和长度的摘要信息，而不是实际序列。

创建一个选项对象。

inspectOpt = Bowtie2InspectOptions;

设置总结财产真正的．

inspectOpt。总结= true;

使用指定的选项再次运行函数。

国旗= bowtie2inspect (“Dmel_chr4”，“Dmel_chr4_summary.fa”, inspectOpt);

如果索引检查成功，则函数返回0，输出文件现在包含引用序列的摘要信息。

或者，您可以传入一个Bowtie 2语法字符串，而不是使用option对象。

国旗= bowtie2inspect (“Dmel_chr4”，“Dmel_chr4_summary2.fa”，“s”）;