文件帮助中心文件
排序SAM文件
sortedfile = samsort（Infile）
Samsort（Infile，Outfile）
例子
排序文件= samsort（infile.的）排序SAM文件infile.并返回排序的SAM文件的名称排序文件。该功能首先通过参考序列名称对对齐记录进行排序，然后按引用中的位置对齐。
排序文件= samsort（infile.的）
排序文件
infile.
Samsort（infile.那外档的）sortinfile.并生成一个名为的排序的SAM文件外档。
Samsort（infile.那外档的）
外档
全部收缩
对示例SAM文件进行排序。排序文件具有与输入文件相同的基本名称，但具有扩展名“.sorted.sam“。默认情况下，排序文件保存在当前目录中。
.sorted.sam“
sortedfile = samsort（“ex1.sam”的）
sortedfile =“ex1.sorted.sam”
您可以通过将其作为第二个输入指定来更改输出文件的名称。
Samsort（“ex1.sam”那“sortedex1.sam”的）
ans =“sortedex1.sam”
您还可以通过提供文件路径信息将输出文件保存到现有目录。
Mkdir（“./outputex1sam”）;Samsort（“ex1.sam”那“./outputex1sam/sortedex1.sam”的）
ans =“./outputex1sam/sortedex1.sam”
输入SAM文件的名称排序，指定为字符串或字符向量。您可以指定文件名或路径和文件名。文件名必须具有扩展名.sam.。
.sam.
例子：“./inputdata/ex1.sam”
“./inputdata/ex1.sam”
数据类型：char|细绳
char
细绳
输出SAM文件的名称，指定为字符串或字符向量。您可以指定文件名或路径和文件名。文件名必须具有扩展名.sam.。默认情况下，该文件保存在当前目录中，除非您指定路径信息。如果指定文件路径，则在运行函数之前必须存在列出的目录。
例子：“./outputdata/ex1sorted.sam”
“./outputdata/ex1sorted.sam”
输出SAM文件的名称，作为字符串返回。排序文件具有与之相同的基本名称infile.但随着延期.sorted.sam.。默认情况下，该文件保存在当前目录中。
.sorted.sam.
Bamsort.|Bamread.|Samread.|Saminfo.|Biomap.
Bamsort.
Bamread.
Samread.
Saminfo.
Biomap.
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