主要内容

pdbtransform.

将线性变换应用于分子的三维结构

语法

pdbtransform (PDB，为我国）
PDBTX= pdbtransform (PDB，为我国）
．．．= pdbtransform(…“ModelNum”,ModelNumValue,……)
．．．= pdbtransform(…“段”,SegmentValue,……)

输入参数

PDB

以下列任何一种形式表示的蛋白质结构:

  • 为蛋白质数据库(PDB)中的蛋白质结构记录指定唯一标识符的字符向量或字符串。

  • 变量包含一个pdb格式的MATLAB®结构，如返回getpdb要么pdbread．

  • 指定文件名或路径和文件名的字符向量或字符串。所引用的文件是pdb格式的文件。如果仅指定文件名，则该文件必须位于MATLAB搜索路径或MATLAB当前文件夹中。
为我国 用MATLAB结构表示一个线性变换，将其应用于所表示的分子的坐标PDB．为我国包含以下字段:

  • T-正交旋转和反射分量。

  • b——规模组件。

  • c——翻译组件。

提示

你可以使用为我国结构返回pdbsuperpose函数作为输入。
ModelNumValue

指定要应用转换的模型的正整数PDB包含多个模型。默认情况下，考虑第一个模型。
SegmentValue

指定应用线性变换的范围。SegmentValue可以是:

  • “所有”—转换应用于整个PDB输入。

  • 指定要考虑的边界和链的字符向量或字符串。它使用下列任一格式:“起止:链”要么“链”．省略边界表示整个链。

输出参数

PDBTX 转换pdb格式的MATLAB结构。

描述

pdbtransform (PDB，为我国）应用中规定的线性变换为我国，表示一个线性变换的MATLAB结构，以分子的坐标表示PDB，这可以是以下任何一种：

  • 为PDB数据库中的蛋白质结构记录指定唯一标识符的字符向量或字符串。

  • 变量包含pdb格式的MATLAB结构，如返回getpdb要么pdbread．

  • 指定文件名或路径和文件名的字符向量或字符串。所引用的文件是pdb格式的文件。如果仅指定文件名，则该文件必须位于MATLAB搜索路径或MATLAB当前文件夹中。

PDBTX= pdbtransform (PDB，为我国）返回PDBTX，转换后的PDB格式的MATLAB结构。

．．．= pdbtransform(……”PropertyName＇，PropertyValue,……)调用pdbtransform.使用属性名/属性值对的可选属性。您可以以任意顺序指定一个或多个属性。每一个PropertyName必须用单引号括起来，不区分大小写。这些属性名/属性值对如下所示:

．．．= pdbtransform(…“ModelNum”,ModelNumValue,……)指定要应用转换的模型PDB包含多个模型。ModelNumValue为正整数。默认情况下，考虑第一个模型。

．．．= pdbtransform(…“段”,SegmentValue,……)指定应用线性变换的范围。SegmentValue可以是:

  • “所有”—转换应用于整个PDB输入。

  • 指定要考虑的边界和链的字符向量或字符串。它使用下列任一格式:“起止:链”要么“链”．省略边界表示整个链。

例子

  1. 创建一个定义线性变换的MATLAB结构。

    transf.T =眼(3);transf.b = 1;trans .c = [11.8 -2.8 -32.3];

  2. 对硫氧还蛋白结构中的B链进行线性变换，PDB标识符为2trx。

    pdbtx = pdbtransform (2硫氧还蛋白的,为我国“段”，“B”）;

另请参阅

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介绍了R2008b

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