反应的动态法信息
动力学法对象持有有关应用于反应的抽象动力学法的信息,并为反应速率提供模板。在模型中,素质学®软件使用您在完全定义的动态法律对象中提供的信息来确定反应速度
反应物体的性质。
当您首次创建动态法律对象时,您必须指定要使用的抽象动态法的名称。Simbiology软件填补了KineticLawname.
财产和零件表达
动态法律对象的财产,具有指定的抽象动力学法的名称和数学表达式。该软件还填写了parametervarialbles.
财产和零件物种variables.
动态法对象的属性与抽象动力学对象的相应属性中发现的值。
要获得反应率,您必须完全定义动力学法:
在里面ParametervariaBlenames.
属性,从表达式替换的模型中指定参数(表达
财产)。
在里面speciesvariablenames.
属性,从表达式替换的模型中指定物种。
SimBiology软件在表达式中替换,参数变量的名称和物种变量按顺序指定的顺序parametervarialbles.
和物种variables.
分别属性。
然后,该软件将取代的表达显示为反应速率反应速度
反应物体的性质。如果没有完全定义动力学法对象,则反应速度
物业仍然存在''
(空的)。
有关动态法律对象属性参考页面的链接,请参阅财产摘要。
属性定义对象的特征。使用
和得到
命令列出对象属性并在命令行更改其值。您可以在交互式更改对象属性中Simbiology Model Builder.应用程序。放
有关相关属性如何彼此相关的说明,请参阅命令行。
以下部分使用动力学法示例来展示如何完全定义动力学法律对象以获得反应速率Simbiology Model Builder.应用程序和命令行。
Henri-Michaelis-Menten动力学法表示如下:
在Simbiology软件中Henri-Michaelis-Menten
是一个内置抽象动力学法,在哪里V.m
和K.m
定义在parametervarialbles.
抽象动力学对象的财产,S.
定义在物种variables.
抽象动力学对象的财产。
为了在应用程序中完全定义动力学法,定义物种变量的名称和参与反应速率的参数变量。例如,看到添加和配置反应。
要在命令行完全定义动态法律对象,请定义参数的名称ParametervariaBlenames.
动力学法对象的财产,并定义物种名称speciesvariablenames.
动力学法对象的财产。例如,申请Henri-Michaelis-Menten
抽象的动力学法对反应
a - > b其中Vm = va,km = ka和s = a
va.
和K a
在里面ParametervariaBlenames.
属性替代所在的变量parametervarialbles.
财产 (VM.
和km.
)。定义一种
在里面speciesvariablename.
要用于替换物种变量的财产物种variables.
财产 (S.
)。以相同的顺序指定要用于替换的模型参数的顺序,即在参数变量列出的顺序parametervarialbles.
财产。同样,如果表示多个物种变量,则指定物种顺序。%在动力学法表达式中找到参数变量%的顺序。get(KineticLawobj,'parametervariables')ans ='vm'km'%在%动态法表达式get(KineticLawobj,'speciassvariables')中找到物种变量,ANS ='s'%指定参数和物种变量%用于替换。%记得指定订单,例如,VM = VA%VM首先在“parametervariables”中列出,因此在“ParametervariaBlenames”中首先列出VA。set(KineticLawobj,'parametervariablenames',{'va''ka'});set(KineticLawobj,'speciesvariablenames',{'a'});
有关详细的程序,请参阅例子。
下表总结了在上面示例的上下文中抽象动力学对象和动态法对象之间的关系之间的关系。
财产 | 物业目的 | 抽象动力学法 | 动力学法对象 |
---|---|---|---|
名称 (抽象的动力学法对象)KineticLawname. (动态法对象) |
抽象动力学法的名称适用于反应。例如:Henri-Michaelis -Menten |
只为内置抽象动力学法。用户确定的用户定义的抽象动态法。 | 只读 |
表达 |
用于确定反应速率方程的数学表达。 例如:
|
只为内置抽象动力学法。用户确定的用户定义的抽象动态法。 | 只读;取决于抽象的动力学法应用于反应。 |
parametervarialbles. |
变量in.表达 这是参数。例如:vm和km. |
只为内置抽象动力学法。用户确定的用户定义的抽象动态法。 | 只读;取决于抽象的动力学法应用于反应。 |
物种variables. |
变量in.表达 这是物种。例如:S. |
只为内置抽象动力学法。用户确定的用户定义的抽象动态法。 | 只读;取决于抽象的动力学法应用于反应。 |
ParametervariaBlenames. |
变量in.反应速度 这是参数。例如:va和ka. |
不适用 | 定义对应的这些变量parametervarialbles. 。 |
speciesvariablesnames. |
变量in.反应速度 这是物种。例如:一种 |
不适用 | 定义对应的这些变量物种variables. 。 |
插曲链团(反应) | 创建动力学法对象并添加到反应对象 |
addparameter(型号,动力锯) | 创建参数对象并添加到模型或动态法对象 |
CopyObj. | 复制辛博学对象及其孩子 |
删除 | 删除SimBiology对象 |
展示 | 显示SimBiology对象摘要 |
得到 | 获取SimBiology对象属性 |
GetParameters(KineticLaw) | 获取动态法对象中的特定参数 |
getSpecies(KineticLaw) | 在动力学法中获取特定物种 |
改名 | 重命名对象和更新表达式 |
重新排序(模型,隔间,动力学法) | 重新排序组件列表 |
放 | 设置SimBiology对象属性 |
SetParameter(KineticLaw) | 在动态法对象中指定特定参数 |
SetSpecies(KineticLaw) | 在动力学法中指定物种 |
表达 | 以确定反应速率方程或观察物体的表达 |
KineticLawname. | 适用于反应的动力学法的名称 |
名称 | 指定对象的名称 |
笔记 | 描述HTML文本描述辛博学目的 |
ParametervariaBlenames. | 电池反应速率参数阵列 |
parametervarialbles. | 动力学法定义中的参数 |
参数 | 参数对象数组 |
父母 | 表示父对象 |
speciesvariablenames. | 反应速率方程中物种细胞阵列 |
物种variables. | 抽象动力学法中的物种 |
标签 | 指定标签辛博学目的 |
类型 | 展示辛博学对象类型 |
用户数据 | 指定要与对象关联的数据 |
该实施例显示了如何定义反应的反应速率。
创建模型对象,并将反应对象添加到模型中。
modelobj = sbiomodel('my_model');yrertobj = addreacrection(modelobj,'a - > b');
为反应物体定义动力学定律。
KineticLawobj = Addkineticlaw(Artricovj,'Henri-Michaelis-Menten');
查询动态法中定义的参数和物种变量。
get(KineticLawobj,'parametervariables')ans ='vm'km'get(kineticlawobj,'speciesvariables')ans ='s'
定义va.
和K a
作为ParametervariaBlenames.
,对应于此parametervarialbles.
VM.
和km.
。要设置这些变量,请先创建参数变量作为参数对象(parameterobj1,parameterobj2.
)有名字va.
和K a
,然后将它们添加到KineticLawobj.
。物种对象名称
一种
是时候创建的yrertovj.
创建,不需要重新定义。
parameterobj1 = addparameter(KineticLawobj,'va');parameterobj2 = addparameter(KineticLawobj,'ka');
设置动态法对象的变量名称。
set(KineticLawobj,'parametervariablenames',{'va''ka'});set(KineticLawobj,'speciesvariablenames',{'a'});
确认反应物体中的反应速率正确地表达反应速度
财产。
得到(artryovj,'verticrate')
马铃薯®返回:
ans = va * a /(ka + a)