此示例显示如何使用该示例如何创建和模拟受体 - 配体动力学的简单模型Simbiology Model Builder.和Simbiology Model Analyzer应用。
在这个模型中,配体L.和受体R.物种通过可逆结合反应形成受体 - 配体复合物。这些反应使用质量动力学进行定义 , 在哪里K.F和K.R.是前进和反向速率常量。L.那R., 和C分别是配体,受体和受体 - 配体复合物的浓度。
打开Simbiology Model Builder.通过键入应用程序SimbiologyModelBuilder.
在命令行或点击Simbiology Model Builder.在这一点应用标签。
在这一点家应用程序的选项卡,选择模型>创建新的空白模型。进入M1
作为模型的名称。该应用程序创建一个空箱未命名
并显示舱室图表标签。
拖放三种物种块和一个反应块进入隔间。(可选)您可以通过双击默认名称来重命名物种和统计管道。例如,改变未命名
到细胞
。
将物种连接到反应,按住并保持Ctrl.键(在Windows上®和Linux®) 或者选项key(在麦克斯)中,单击物种块,然后拖动行。
单击反应块以查看其属性物业编辑器窗格。设置以下参数。
选择可逆>真的。
在里面状态表,更新值L.到5.
和R.到10.
。设置单位L.那R., 和C物种纳米摩/升
。
设置前向率参数的值K.F到0.05
。将设备设置为升/纳米摩/小时
。
设置反向速率参数的值K.R.到0.1
与单位1小时
。
在这一点家标签,单击模型分析仪图标打开Simbiology Model Analyzer应用程序。
在里面模型分析仪应用程序,选择程序>模拟模型在这一点家标签。这Program1.标签打开。
在里面模拟程序的步骤,设置停止时间到20秒,因为模型在此之后达到饱和状态。点击跑步来自家标签。
运行程序绘制结果的结果Plot1.标签。该曲线显示了不同颜色的模拟响应。该程序存储了模拟结果在里面Lastrun.程序的文件夹。
Simbiology Model Analyzer|Simbiology Model Builder.