主要内容

创建受体 - 配体动力学模型

此示例显示如何使用该示例如何创建和模拟受体 - 配体动力学的简单模型Simbiology Model Builder.Simbiology Model Analyzer应用。

在这个模型中,配体L.和受体R.物种通过可逆结合反应形成受体 - 配体复合物。这些反应使用质量动力学进行定义 D. C D. T. = K. F L. R. - K. R. C , 在哪里K.FK.R.是前进和反向速率常量。L.R., 和C分别是配体,受体和受体 - 配体复合物的浓度。

构建模型

  1. 打开Simbiology Model Builder.通过键入应用程序SimbiologyModelBuilder.在命令行或点击Simbiology Model Builder.在这一点应用标签。

  2. 在这一点应用程序的选项卡,选择模型>创建新的空白模型。进入M1作为模型的名称。该应用程序创建一个空箱未命名并显示舱室图表标签。

  3. 拖放三种物种块和一个反应块进入隔间。(可选)您可以通过双击默认名称来重命名物种和统计管道。例如,改变未命名细胞

  4. 将物种连接到反应,按住并保持Ctrl.键(在Windows上®和Linux®) 或者选项key(在麦克斯)中,单击物种块,然后拖动行。

  5. 单击反应块以查看其属性物业编辑器窗格。设置以下参数。

    • 选择可逆>真的

    • 在里面状态表,更新值L.5.R.10.。设置单位L.R., 和C物种纳米摩/升

    • 设置前向率参数的值K.F0.05。将设备设置为升/纳米摩/小时

    • 设置反向速率参数的值K.R.0.1与单位1小时

模拟模型

  1. 在这一点标签,单击模型分析仪图标打开Simbiology Model Analyzer应用程序。

  2. 在里面模型分析仪应用程序,选择程序>模拟模型在这一点标签。这Program1.标签打开。

  3. 在里面模拟程序的步骤,设置停止时间到20秒,因为模型在此之后达到饱和状态。点击跑步来自标签。

  4. 运行程序绘制结果的结果Plot1.标签。该曲线显示了不同颜色的模拟响应。该程序存储了模拟结果在里面Lastrun.程序的文件夹。

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