药代动力学建模功能
概述
SimBiology®software extends the MATLAB®用于使用模型分析药代动力学(PK)数据的计算环境。该软件使您可以执行以下操作:
The software lets you work with different model structures, thus letting you try multiple models to see which one produces the best results.
如何SimBiologySupports Pharmacokinetic Modeling
导入并处理数据
You can import tabular data into the SimBiology Model Analyzer or the MATLAB Workspace. The supported file types are.xls
,,,,.csv
,,,,and。txt
。You can specify that the data is in a NONMEM®格式化文件。导入过程根据非MEM定义解释列。有关详细信息,请参阅导入数据。
模型
Simbiology提供了可扩展的建模环境。您可以执行以下任何操作:
使用模型构建向导创建PK模型,以指定隔室的数量,管理途径和消除类型。
使用药效(PD)模型组件扩展任何模型,或建立更高的保真度模型。
构建或加载自己的Simbiology或SBML模型。
有关更多信息,请参阅什么是Simbiology模型?。
使用模型分析数据
执行个人和人口拟合到分组的纵向数据:
个人拟合 - 使用非线性最小二乘法的拟合数据,指定参数转换,估计参数并计算残差和估计的系数协方差矩阵。对于命令行工作流,请参阅适合SBIOFIT的工作流程。For an app workflow, seeCalculate NCA Parameters and Fit Model to PK/PD Data Using SimBiology Model Analyzer App。
人群拟合 - 拟合数据,指定参数转换,并使用非线性混合效应模型估算参数的固定效应和随机变化来源。对于命令行工作流,请参阅非线性混合效应建模工作流程。
Population fit using a stochastic algorithm — Fit data, specify parameter transformations, and estimate the fixed effects and the random sources of variation on parameters, using the Stochastic Approximation Expectation-Maximization (SAEM) algorithm. SAEM is more robust with respect to starting values. This functionality relaxes assumption of constant error variance. Specify
nlmefitsa
作为运行时的估计功能名称sbiofitmixed
。
此外,您可以打开ProgressPlot选项以获取有关参数估计状态的实时反馈。
药代动力学建模示例
The following examples show how to estimate pharmacokinetic parameters at the command line.
对于应用程序示例,请参阅Calculate NCA Parameters and Fit Model to PK/PD Data Using SimBiology Model Analyzer App。
Acknowledgements: Tobramycin Data Set
确认数据tobramycin.txt
文件位于/matlab/toolbox/simbio/simbiodemos
文件夹。数据集由Leon Aarons博士提供(laarons@fs1.pa.man.ac.uk
)。
数据中的数据tobramycin.txt
文件是从资源动力学资源设施的网站下载的http://depts.washington.edu/rfpk/service/datasets/index.html
(不再活跃)。资金来源:NIH/NIBIB赠款P41-EB01975。
原始数据集修改为如下:
标题评论被删除。
该文件被转换为选项卡的格式。
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H T
列表示“。
“ 代替100000000.000
。
References
[1]原始出版物:Aarons L,Vozeh S,Wenk M,Weiss P和Follath F。Br J Clin Pharmacol。1989年9月; 28(3):305–14。