从系列:SimBiology教程QSP PBPK, PK / PD建模和分析
杰里米•Huard MathWorks
学习如何定义与SimBiology代数方程®模型的构建器应用程序。
在这个视频中,我们将讨论如何实现在SimBiology代数方程。定义一个代数方程,可以使用以下结构之一。初始赋值定义了一个数学表达式,只进行一次模拟的开始。它允许您指定一个参数的初始值,物种,或舱容量作为其他模型组件的函数值。
初始赋值变量=表达式表示。例如,koff等于决定常数,KD,乘以今敏在可逆的情况下绑定。重复的任务是用来定义一个时间量使用一个代数方程。这是评估在每一个时间步,由仿真过程中解决。
例如,总浓度的受体可以等于受体+ TMDD模型中的复杂。开始时的仿真,在仿真时间等于0,SimBiology评估初始赋值,并重复分配规则,作为一组联立约束。SimBiology将规则作为一个统一系统的约束和自动重组和评估他们。规则的顺序出现在模型对仿真结果没有影响。
接下来的构造是一个代数规则。它允许您指定的数学约束在一个或多个参数,物种,或隔间,必须保持在一个模拟世界中。需要0 =表达式,形式和规则被指定为表达式。例如,重复的任务都可以写0等于总受体受体-复杂。
重复分配规则是数学等价的代数规则但导致精确解,而不是近似的解决方案。金宝搏官方网站因此,建议您使用重复分配规则,而不是代数规则,只要有可能。使用代数规则只有当你不能分析解决方程得到封闭解,或有多个方程与多个未知数,它可以方便解决。
如果你使用重复任务或一个代数规则改变在模拟舱的价值,确保他们的常量属性设置为false。如果你的数学表达式定义的数量不是用来计算其他数量在你的模型中,您还可以定义post-simulation可见。然而,我们把另一个视频来观察,因为他们可以使用更多的用例。
现在让我们看看如何实现模型中初始和重复作业builder应用。在这个模型中,使用两舱制TMDD PK建模模型。我们预计受体在稳态时没有服用药物。这意味着我们将定义合成速率,ksyn,作为受体浓度的函数在稳定状态,及其缓解率,凯尔。
因为ksyn将被定义为仿真和不会改变的开始之后,我们可以定义这个表达式作为一个初始赋值。ksyn等于凯尔乘以受体。我们不需要使用点符号来指定受体,因为它的名字是独特的在整个模型。如果表达式包含血浆药物浓度,例如,我们需要用中央的符号。药物浓度的药物来区分它外围隔间。
注意,将出现一个新的图标旁边的它代表一个恒定值。我们现在可以显示初始条件和看到ksyn已经更新为0,因为初始浓度的受体目前设置为0。让我们改变它到10,凯尔改为0.2。现在,ksyn的初始值显示2,。
现在让我们添加一个新的参数计算受体入住率,罗依,这被定义为总数的分数受体浓度绑定到药物。罗依是无量纲的,所以我们将它定义为一个参数。因为它将取决于受体和复杂,与时间有关的,它将是与时间有关的。
所以我们需要定义不恒定。现在我们可以添加一个重复作业,确保正确计算的初始值RO在参数列表中。最后,重复的任务将显示在列表的方程。本教程到此结束。谢谢收看。
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