主要内容

对齐

读取映射到参考序列

排列顺序读取参考序列使用各种功能。领结2 (bowtie2)适用于读取超过50个基点,并提供一些好处包括单和paired-end读取的支持,地方和端到端对齐的支持,并与仿射点球缺口对齐。金宝appburrows - wheeler对齐BWA (bwamem)适用于调整70 bp-1 Mbp查询序列。它通过播种比对与最大精确匹配和延长种子affine-gap均为算法。

功能

bowtie2 顺序读取映射到参考序列
bowtie2build 从参考序列创建领结2索引文件
bowtie2inspect 检查领结2索引文件
bwaindex 从参考序列创建BWA指数
bwamem 地图读取使用BWA参考基因组序列
align2cigar 雪茄格式一致序列转换为相应的签名
cigar2align 对齐序列转换为序列在雪茄使用签名格式保持一致

类

BioMap 包含序列、质量、对齐和映射数据
Bowtie2AlignOptions 选择读取映射到参考序列
Bowtie2BuildOptions 包含选项来创建领结2索引文件的参考序列
Bowtie2InspectOptions 包含选项来检查领结2索引文件
BWAIndexOptions 选项设置bwaindex
BWAMEMOptions 选项设置bwamem

主题