主要内容

数据导入

从SAM、BAM、FASTA、FASTQ、GTF和GFF文件导入下一代测序(NGS)数据和特征注释

导入以不同文件格式存储的NGS数据,如FASTA、FASTQ、SAM和BAM文件。从GTF和GFF文件中读取要素注释。使用各种对象访问和管理NGS数据。例如生物索引文件对象使您能够有效地访问具有不均匀大小条目(如序列和批注)的文本文件。当源文件太大而无法放入内存时,请使用该对象访问单个条目或条目子集。使用生物地图生物负载对象来存储和管理包含标题、质量和路线信息的序列读取数据。

功能

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法斯塔因福 返回关于FASTA文件的信息
禁区 从文件中读取数据
法斯塔维特 使用FASTA格式写入文件
法斯特奇福 返回有关FASTQ文件的信息
快车头 从FASTQ文件读取数据
fastqwrite 使用FASTQ格式写入文件
saminfo 返回有关SAM文件的信息
桑索特 对SAM文件进行排序
桑里德 从SAM文件读取数据
baminfo 返回有关BAM文件的信息
巴姆雷德 从BAM文件读取数据
班索特 对BAM文件进行排序
bamindexread 读取BAM索引、BAI、文件

班级

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生物负载 包含序列读取及其质量数据
生物地图 包含序列、质量、对齐和映射数据
生物索引文件 允许快速高效地访问具有不均匀大小条目的大型文本文件
旋转 包含通用要素格式(GFF)注释
GTF旋转 包含基因转移格式(GTF)注释
卡夫弗雷德 过滤和转换GFF和GTF文件
cuffgtf2sam 将GTF文件转换为SAM文件

话题

使用下一代测序数据

使用生物索引文件对象使用索引或键从大型文件中提取条目,并使用自定义函数解析数据。

管理对象中的顺序读取数据

使用生物地图生物负载对象来访问和管理来自各种文件格式(如FASTQ、SAM和BAM文件)的下一代测序(NGS)数据。

在对象中存储和管理要素注释

使用GTF和GFF特征标注对象从一个或多个参考序列中检索特征信息。

数据格式和数据库

使用各种MATLAB访问在线数据库和存储库®函数并将数据导入工作区以进行进一步分析。

使用Genomics Viewer应用程序可视化NGS数据

使用Genomics Viewer应用程序查看细胞色素p450基因单核苷酸变异的NGS比对数据。

特色实例