生物信息学工具箱™ 为各种新一代测序工作流和分析提供支持包。要在M金宝appATLAB中提供支持包®命令行,您必须首先安装它。
按照以下步骤安装支持包。金宝app
在环境在MATLAB toolstrip的部分中,选择附加组件>获取附加组件.
在加载项资源管理器中,通过输入要安装的支持包的名称来搜索该支持包。金宝app
安装支持包。金宝app
下表列出了可作为附加组件下载的所有生物信息学工具箱支持包。金宝app
金宝app支持包名称 |
版本† |
相应的MATLAB函数 |
金宝app支持的操作系统 |
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蝴蝶结定位仪的生物信息学工具箱接口[1] |
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雨衣和UNIX® |
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生物信息学工具箱的袖金宝app扣支持包[2] |
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雨衣和UNIX |
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雨衣和UNIX |
†原始(第三方)软件的版本
[1]兰米德、本和史蒂文·L·萨尔茨伯格。“使用领结2快速间隙读取对齐。”自然方法9,第4号(2012年4月):357-59。https://doi.org/10.1038/nmeth.1923.
[2]特拉普内尔、科尔、布赖恩·威廉姆斯、吉奥·佩蒂亚、阿里·莫塔扎维、戈登·关、马里杰克·范巴伦、史蒂文·萨尔茨伯格、芭芭拉·沃德和利奥·帕切特。“通过RNA-Seq进行转录本组装和量化,可以揭示细胞分化过程中未注释的转录本和亚型转换。”自然生物技术第5期,第28期(2010年5月):511-15页。
[3]李、恒和理查德·德宾。“使用Burrows–Wheeler Transform快速准确的长读取对齐。”生物信息学26,第5号(2010年3月1日):589-95。https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698.
[4]李、恒和理查德·德宾。“使用Burrows-Wheeler变换进行快速准确的短读对齐。”生物信息学第25号,第14号(2009年7月15日):1754-60。https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324.