DimensionalAnalysis

对模型进行量纲分析

描述

DimensionalAnalysis属性指定在模拟之前是否对模型执行维度分析。它是属性CompileOptions对象。CompileOptions对象的对象属性,包含模型的编译时选项configset对象。当DimensionalAnalysis被设置为真正的,SimBiology®软件检查反应和规则所涉及的单位的物理量是否匹配和适用。

例如,考虑一个反应a + b - > c。利用质量作用动力学,将反应速率定义为a * b * k,在那里k是反应的速率常数。如果你指定初始量一个b分别为0.01M和0.005M,则单位为k1 / (M *秒)。如果您指定k用另一个等价单位定义,例如,1 /((摩尔/升)*秒),DimensionalAnalysis检查物理量是否匹配。如果物理量不匹配,就会出现错误,模型就不会被模拟。

单位转换需要量纲分析。如果DimensionalAnalysis关了,你转身了吗UnitConversion上之后,DimensionalAnalysis是自动开启的。如果UnitConversion打开,你关掉DimensionalAnalysis,然后UnitConversion自动关闭。

如果你有MATLAB®在模型中,维度分析忽略任何包含函数调用的表达式,并生成警告。

反应速率的有效物理量是量/时间、质量/时间或浓度/时间。

特征

适用于 对象:CompileOptions(在configset对象)
数据类型 布尔
数据值

真正的。默认值是真正的

访问 读/写

请注意

SimBiology允许对任何无因次量求幂到任何无因次幂。例如,如果两者都有,可以写下面的表达式x一个是无量纲的:(x + 3)^(a + 0.5)

请注意

SimBiology使用单位,包括与关联的空单位DimensionalAnalysisUnitConversion特性。

  • DimensionalAnalysisUnitConversion都是,不使用单位。然而,SimBiology仍然通过最小的维度分析来决定反应速率是在量/时间还是在浓度/时间的维度上。

  • DimensionalAnalysis真正的UnitConversion,单元(如果不是空的)必须具有一致的维度,以便SimBiology能够执行维度分析。然而,单位没有被转换。

  • UnitConversion被设置为真正的(需要DimensionalAnalysis真正的), SimBiology执行量纲分析并将一切转换为一致的单位。因此,您必须指定一致的单元,并且任何单元都不能是空的。如果你有一个无量纲参数,你仍然必须设置它的单位无量纲的

提示

如果你有一个自定义函数和UnitConversion,请遵循下面的建议。

  • 无量纲化传递给函数的参数,如果它们不是无量纲的。

    假设您有一个自定义函数定义为y = f (t)在哪里t时间是一小时一小时吗y是一种物质的浓度,单位是摩尔/升。当你在你的模型中使用这个函数来定义一个重复的分配规则,例如,定义它为:s1 = f(时间/ t0) * s0,在那里时间为模拟时间,t0是定义为1.0小时的参数,s0参数是否定义为1.0 mol /ls1是一种物质的浓度,单位是摩尔/升。请注意,时间s1不需要在相同的单位t0s0,但它们必须在维度上一致。例如,时间s1单位可分别设置为分钟和皮摩尔/升。

例子

这个示例展示了如何检索和设置DimensionalAnalysis从默认真正的在模型对象的默认配置中设置。

  1. 导入模型。

    modelObj = sbmlimport (“振荡器”)

    SimBiology模型-振荡器模型组成:模型:0参数:0反应:42规则:0种:23
  2. 检索configset模型对象的对象。

    configsetObj = getconfigset(modelObj)配置设置-默认(活动)SolverType: ode15s StopTime: 10.000000 SolverOptions:绝对公差:1.000000e-006 RelativeTolerance: 1.000000e-003 RuntimeOptions: StatesToLog:所有编译选项:UnitConversion:真维度分析:真
  3. 检索CompileOptions对象。

    optionsObj =得到(configsetObj,“CompileOptions”编译设置:单位转换:真维度分析:真
  4. 赋值DimensionalAnalysis

    集(optionsObj,“DimensionalAnalysis”假)