主要内容

sbionlmefit

使用。估计非线性混合效应SimBiology模型（需要统计和机器学习工具箱软件）

sbionlmefit将在未来的版本中删除。使用sbiofitmixed反而。

句法

结果= sbionlmefit（Modelobj.那pkmodelmapobject.那pkDataObject那InitEstimates）
结果= sbionlmefit（Modelobj.那pkmodelmapobject.那pkDataObject那covmodelobj.）
结果= sbionlmefit（...，名称,值）
结果= sbionlmefit（...，optionStruct）
[结果那SimDataI那SimDataP] = sbionlmefit(…)

描述

结果= sbionlmefit（Modelobj.那pkmodelmapobject.那pkDataObject那InitEstimates）使用SimBiology执行非线性混合效应估计®模型，Modelobj.，并返回估计结果结果结构体。

结果= sbionlmefit（Modelobj.那pkmodelmapobject.那pkDataObject那covmodelobj.）使用指定参数和协变量之间的关系covmodelobj.,一个CovariateModel.目的。这CovariateModel.对象还提供参数变换。

结果= sbionlmefit（...，名称,值）执行非线性混合效果估计，并使用一个或多个指定的附加选项名称,值对参数。

以下是前一个语法的替代方法：

结果= sbionlmefit（...，optionStruct）指定optionStruct，一个包含字段和值的结构，这些字段和值是所接受的名称-值对参数nlmefit．默认值optionStruct与参数使用的默认值相同nlmefit，但有例外输入参数．

[结果那SimDataI那SimDataP] = sbionlmefit(…)返回SimBiology模型的仿真数据，Modelobj.，使用参数的估计值。

输入参数

ModelObject.

用于拟合观测数据的SimBiology模型对象。

笔记

如果使用包含活动剂量的模型对象(即包含使用adddose方法，并使用该方法指定为主动活跃的属性)，请注意这些活性剂量是被忽略的sbionlmefit函数。

pkmodelmapobject.

PKModelMap对象，该对象定义用于评估的模型组件的角色。有关详细信息,请参见PKModelMap目的。

笔记

如果使用A.PKModelMap指定多个剂量的对象，请确保每个元素服用酒店是独一无二的。

pkDataObject

pkdata.对象，该对象定义拟合中使用的数据，以及用于估计的列的角色。pkDataObject必须为至少两个组定义目标数据。有关详细信息,请参见pkdata对象．

笔记

属性指定的数据列中定义的属于单个组的每个数据子集GroupLabel属性)，该软件允许同时进行多个观测。如果你的数据是这样的，请注意:

  • 这些数据点不平均，而是单独安装。

  • 不同时间的不同观测值会使某些时间点的权重增大。

InitEstimates

固定效应的初始估计向量。第一个P.的元素InitEstimates对应于每个的固定效果P.的元素pkmodelmapobject.．估计的．附加元素对应于协变量因素的固定效应。第一个P.的元素InitEstimates转换为ParamTransform名称值对（默认情况下的日志转换）。

covmodelobj.

CovariateModel.对象，该对象定义参数和协变量之间的关系。有关详细信息,请参见CovariateModel对象．

提示

为了同时拟合多个剂量水平的数据，忽略随机效应(埃塔）来自表达式CovariateModel.目的。

optionStruct

属性所接受的名称-值对的字段和值nlmefit函数。默认值optionStruct与参数使用的默认值相同nlmefit，例外注意到名称-值对的观点．

如果您有Parallel Computing Toolbox™，您可以通过设置名称-值对参数来启用并行计算以更快地进行数据拟合'使用指平行'到真正的在statset期权结构如下:

parpool;%打开parpool进行并行计算opt = statset(…，'UseParallel'，true);%启用并行计算结果= sbionlmefit(…，'Options'，opt);%进行数据拟合

提示

Simbiology软件包括sbiofitstatusplot函数，您可以在OutputFcn场面的领域选项字段。这个功能可以让你监控配件的状态。

提示

要同时拟合多个剂量水平的数据，使用InitEstimates的输入参数，并设置REParamsSelect字段到一个1 -N逻辑向量，所有条目设置为错误的,在那里N等于固定效果的数量。

名称-值对的观点

指定可选的逗号分离对名称,值参数。姓名是参数名称和价值为对应值。姓名必须出现在引号内。可以以任意顺序指定多个名称和值对参数Name1, Value1,…,的家．

这sbionlmefit方法支持的名称-值对参数金宝appnlmefit函数。

这些nlmefit名称 - 值对进行硬编码sbionlmefit因此，您无法设置：

  • 菲素肝分泌物

  • feconstdesign.

  • fegroupdesign.

  • feobsdesign.

  • 重新启动

  • REGroupDesign

  • Reobsdesign.

  • 向量化

如果你提供了一个CovariateModel.对象作为输入sbionlmefit,那么这些nlmefit名称 - 值对从协变态模型计算，因此，您无法设置它们：

  • fegroupdesign.

  • ParamTransform

  • REParamsSelect

你可以设置所有其他nlmefit名称值对。有关详细信息，请参阅nlmefit（统计和机器学习工具箱）参考页面。

请注意这些默认值nlmefit名称-值对在使用时不同sbionlmefit：

'fegroupdesign'

指定每个组的设计矩阵的数字数组。

默认：repmat(眼(P), 1 nGroups [1]),在那里P.=估计参数的数量，和nGroups=观测数据中的组数。

“ParamTransform”

指定参数分布方式的整数矢量。

笔记

不要使用ParamTransform在提供时指定参数变换的选项CovariateModel.对象到拟合功能。这CovariateModel.对象提供参数转换。

默认：传染媒介，指定所有参数都是对数转换的。

“OptimFun”

指定优化函数的字符向量用于最大化可能性。

默认：Fminunc.，如果您已经安装了最优化工具箱™。否则，默认为fminsearch.．

'选项'

包含多个字段的结构，包括德国，标量或向量指定有限差分梯度计算中使用的相对差异，以及funvalcheck.，逻辑指定是否检查无效值，例如南或正， 从Modelfun.．

默认：默认为德国是较小的1E-4或者的价值SolverOptions。RelativeTolerance关联的配置集的Modelobj.，最小值为EPS ^（1/3）．默认为funvalcheck.是从．

提示

Simbiology软件包括sbiofitstatusplot函数，您可以在OutputFcn场面的领域选项名称-值对输入参数。这个功能可以让你监控配件的状态。

提示

要同时拟合多个剂量水平的数据，使用InitEstimates输入参数并设置REParamsSelect名称 - 值对输入参数到一个逐个N逻辑向量，所有条目设置为错误的,在那里N等于固定效果的数量。

输出参数

结果

包含这些字段的结构:

  • 固定效应——一个数据集（统计和机器学习工具箱）数组包含估计的固定效果，包括标准错误。

  • RandomEffects——一个数据集数组对观察数据中的每个组的采样随机效应pkDataObject．

  • IndividualParametereEstimates——一个数据集数组包含个体的估计参数值，包括随机效果。

  • PopulationParameterEstimates——一个数据集数组包含估计人口的参数值，无需随机效果。

  • RandomEffectCovarianceMatrix——一个数据集数组包含随机效应的估计协方差矩阵。

  • EstimatedParameterNames-指定估计参数名称的字符向量单元格数组。

  • Covariatenames.-指定中协变量名称的字符向量单元格数组covmodelobj.．

  • 固定效应-包含估计的固定效果值的结构。

  • 统计—包含信息的结构，例如另类投资会议那BIC.和加权残留。有关此结构中字段的详细信息，请参阅统计结构in.nlmefit（统计和机器学习工具箱）在统计和机器学习工具箱™文档中。但是，田地里统计返回的结构sbionlmefit与返回的人略有不同nlmefit,即:

    • 忿怒那pres那本方案那压水式反应堆,cwres.每个都包含原始或加权残差的矩阵，列数等于模型中的响应次数。

    • 这统计返回的结构sbionlmefit包括其他字段，观察到的．此字段包含字符向量或字符向量的单元阵列，指定与矩阵中的列对应的测量响应忿怒那pres那本方案那压水式反应堆,cwres.字段。这观察到的字段与观察到的财产的PKModelMap输入参数。

SimDataI

SimData对象包含使用估计的个人参数值模拟模型的数据。该对象包括观察到的状态和记录状态。

SimDataP

SimData对象包含使用估计人口的估计参数值模拟模型的数据。该对象包括观察到的状态和记录状态。

也可以看看

||||||||（统计和机器学习工具箱）

话题

在R2009A介绍

SimBiology文档

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