定义和评估SimBiology反应的模型
反应是一个数学表达式,描述一个转换、运输、或绑定过程,改变一个或更多的物种。通常,一个物种的数量改变了反应。
在SimBiology®,由反应反应对象以下属性。
反应属性——数学表达式描述了反应ReactionRate属性数学表达式,定义了反应物的速率相结合,形成产品。下载188bet金宝搏您可以显式地提供这些信息,或使用KineticLaw属性来填充这个信息。KineticLaw属性——对象指定一个速率定律定义了类型的反应速率。例子包括Henri-Michaelis-Menten和大规模行动。对象还指定了种对象,或参数对象。这个属性是可选的。它作为一个模板的反应速率和提供了一个方便的方式特定速率定律应用到多个反应。如果你使用这个属性,它会自动填充ReactionRate财产。
一个反应是局限于一个模型。
| 信息… | 看到…… |
|---|---|
| 创建和添加一个反应模型 | addreaction |
| 方法和属性的反应 | 反应对象 |
| 创建和添加一个动态反应法 | addkineticlaw |
| 方法和属性的动态法 | KineticLaw对象 |
写反应表达式
使用标准的化学反应符号创造的数学表达式反应(反应财产的反应对象)。
下面是写反应表达式的规则:
使用空格前后的物种名称和化学计量值。
化学计量值必须是积极的。
如果没有指定一个化学计量值,它被认为是
1。在模型与一个隔间,指定使用的物种
speciesName。在模型中使用多个隔间,使用合格的指定物种的名字:compartmentName。speciesName。例如,nucleus.DNA表示该物种DNA在车厢里核。附上姓名与非字母数字字符(包括空格)在括号中。
可以可逆反应(
< - >)或不可逆(- >)。
反应表达式的例子包括:
肌酸+ ATP < - > ADP +磷酸肌酸ADP葡萄糖+ 2 + 2π- > 2乳酸ATP + 2 + 2 H2O细胞质。一个- >核。一个[compartment 1].[species A] -> [compartment 2].[species A]
请注意
同一物种列表中可以多次使用的反应或产品。下载188bet金宝搏表达式“2”相当于”+“。
明确写反应速率表达式
使用任何有效的MATLAB®代码来创建反应速率的数学表达式(ReactionRate财产的反应对象)。反应速率可以指定隔间、物种或参数。
下面是写反应速率表达式的规则:
表达式必须是一个单一的MATLAB语句返回一个标量。
在模型与一个隔间,指定使用的物种
speciesName。在模型中使用多个隔间,使用合格的指定物种的名字:compartmentName。speciesName。例如,nucleus.DNA表示该物种DNA在车厢里核。附上姓名与非字母数字字符(包括空格)在括号中。
不结束与下列反应速率表达式:
分号
逗号
评论文本之前
%线延续所示
…
例如,如果您有以下反应表达式:
肌酸+ ATP < - > ADP +磷酸肌酸
然后反应遵循质量作用动力学,反应速率表达式是:
K *肌酸* ATP - Krev * ADP *磷酸肌酸
提示
如果你的反应速率表达式不是连续可微的,看到的使用事件处理规则和反应速率表达式的不连续性在模拟模型。
创建使用动力学反应速率表达式对象的法律
一个KineticLaw对象反应和指定作用域:
速率定律,定义了类型的反应速率。例子包括Henri-Michaelis-Menten和大规模行动。
物种和参数
一个KineticLaw对象作为模板的反应速率和提供了一个方便的方法将特定的速率定律应用于多个反应。你可以用这个对象来创建一个反应速率,填充ReactionRate财产的反应对象。
例如,如果您创建一个KineticLaw对象指定Henri-Michaelis-Menten的KineticLawName、物种年代和参数虚拟机和公里反应速率法是:
如果您创建一个反应对象指定前面KineticLaw对象和物种反应表达式如下:
A - >
与虚拟机=弗吉尼亚州和公里=卡和年代=一个,然后反应速率方程是:
创建反应速率的例子
创建一个零级反应的例子
零级反应,反应速率并不取决于反应物的浓度。零级反应是合成的例子零物种,和建模一个源物种被添加到系统指定的速度。
反应:零- > P反应速率:k摩尔/第二个物种:P = 0摩尔参数:k = 1摩尔/秒
请注意
当指定一个零必须定义物种,反应速率的单位每单位时间单位时间不集中。
上述反应输入到软件和模拟产生以下结果:
零质量作用动力学
请注意
如果反应物的量与零级动力学仿真结束前达到零,然后反应物的量可以低于零无论你解算器或公差。
创建其他反应的例子
创建其他反应速率的例子,看到定义和质量作用动力学反应速率和定义与酶动力学反应速率。
反应速率是怎么评价的
反应速率的维度
当计算物种通量,SimBiology必须确定是否您指定反应率/时间或浓度/时间的维度。当所有隔间在模型中有一个容量为一个单位,数量和浓度数值是等价的。
对于所有其他模型,数值模拟的结果依赖于解释SimBiology选择。SimBiology确定一个反应速率的维度或通过量纲分析浓度/时间/时间ReactionRate表达式。最低级别的量纲分析总是发生,即使DimensionalAnalysis和UnitConversion就消失不见了。
的DefaultSpeciesDimension属性定义了维度的物种出现在反应速率。SimBiology推断的尺寸参数出现在他们的反应速率ValueUnits财产。如果有任何参数出现在反应速率表达式没有单位,SimBiology解释反应速率/时间的维度。因此,指定的唯一方法,反应速率有维度的浓度/时间是所有参数分配合适的单位。
反应生成多个隔间
使用语法指定跨隔间的反应compartment1Name。species1Name- >compartment2Name。species2Name。反应速率方面必须解决如果下列条件/时间是正确的:
反应物的物种在不同的隔间。
反应是可逆的质量作用和产品在多个隔间。下载188bet金宝搏
请注意
的MassAction和未知的动能法可以有不同的仿真结果,即使反应速率是相同的。这可能发生当你有一个可逆反应物种在不同的隔间。仿真结果的差异是因为volume-scaling由SimBiology量纲分析。有关详细信息,请参见从反应推导常微分方程。具体地说,为MassAction,SimBiology使用相应的隔间卷用正向和反向率。然而,对于未知的和其他内置动力学规律,SimBiology繁殖整个利率只有一个舱包含反应物。看到什么舱卷用于扩展,使用getequations或打开方程视图的SimBiology应用程序和检查常微分方程部分。
例子
考虑一个反应a + b - > c。使用质量作用动力学,反应速率k * a * b,在那里k反应的速率常数。如果你指定初始数量的一个和b是0.01物质的量浓度和0.005物质的量浓度分别,则反应速率/时间(和浓度单位物质的量浓度/秒如果单位)k是1 /(物质的量浓度*秒)。如果您指定k与另一个等效单元的定义,例如,1 /((摩尔/升)*秒),SimBiology检查物理量是否匹配。如果物理量不匹配,你会看到一个错误,不是模拟模型。
在前面的例子,如果你指定初始数量的一个和b是0.01和0.005分别不指定单位,是否SimBiology检查DefaultSpeciesDimension是物质或浓度。如果DefaultSpeciesDimension是浓度,设置单位速率常数,反应速率方面决心集中/时间,SimBiology天平室容量的物种数量,并返回该物种值浓度。
如果您指定初始数量的一个和b作为0.01物质的量浓度和0.005摩尔分别包括体积比例b的反应速率表达式。包括体积扩展速率常数,并设置相应的速率常数的单位(1 /(摩尔*秒)浓度/次1 /(物质的量浓度*秒)/时间)。