主要内容

表达分析

识别,可视化和分类差异表达的基因和表达配置文件

职能

进行两样样的T检验以评估来自两个实验条件或表型基因的差异表达
MAFDR. 估计多个假设检测的正面假发现率
mavolcanoplot. 创造意义与基因表达比(折叠变化)散点图的微阵列数据
mairplot 创建强度与比率散点图的微阵列数据
maboxplot. 为微阵列数据创建框绘图
maloglog. 创建微阵列数据的日志图
mapcaplot. 创建主成分分析(PCA)绘图的微阵列数据
nbintest 具有小样本尺寸的计数数据的未配对假设试验
RedblueCmap. 创建红色和蓝色colormap
Redgreencmap. 创建红色和绿色的颜色地图
probesetplot. 阴谋Affymetrix探针设置强度值
metafeatures. 基于相互信息的学习的特征工程吸引子Metagene算法
randfeatures. 按类别可分离标准排名键特征
randfeatures 生成特征的随机子集
knnimpute. 使用最近邻的方法赋予缺失数据
Crossvalind. 生成培训和测试集的指标
Classperf. 评估分类器性能

班级

DataMatrix 创建DataMatrix对象
DataMatrix对象 从微阵列实验中封装数据和元数据的数据结构,使其可以由基因或探针标识符和样本标识符索引
BIOMA.Expressionset. 包含微阵列基因表达实验数据
biooma.data.exptdata. 包含微阵列实验的数据值
biooma.data.metadata. 包含微阵列实验的元数据
BIOMA.DATA.MIAME 包含微阵列基因表达实验的实验信息
负盲群体最佳 未满分的假设测试结果
热线图 包含矩阵和热线图显示属性的对象
群集 包含分层聚类分析数据的对象

话题

管理对象中的基因表达数据

微阵列基因表达数据对象概述

表示DataMatrix对象中的表达式数据值

构造DataMatrix对象,获取和设置属性和访问数据。

表示exptData对象中的表达式数据值

构造EXPTDATA对象,使用属性和方法以及访问数据。

表示Metadata对象中的示例和特征元数据

构造元数据对象,使用属性和方法,访问数据。

代表MIAME对象中的实验信息

构建Miame对象,使用属性和方法以及访问数据。

表示ExpressIonset对象中的所有数据

构建ExpressIonset对象,使用属性和方法以及访问数据。

微阵列数据分析工具

matlab.®环境广泛用于微阵列数据分析,包括读取,过滤,归一化和可视化微阵列数据。

统计学习和可视化

您可以分类和识别数据集的特征,建立交叉验证实验,并比较不同的分类方法。

特色例子