主要内容

Msdotplot.

绘制来自LC / MS或GC / MS数据集的峰值列表集

句法

msdotplot(PeakList.时代的)
msdotplot(Fighandle.PeakList.时代的)
msdotplot(...,'smartile',stantilevalue.的)
浮子= msdotplot(...)

输入参数

PeakList. 峰值列表的单元阵列,其中每个元素是具有第二列中的第一列中的M / Z值的双列矩阵和第二列中的离子强度值。每个元素对应于频谱或保留时间。

提示

你可以使用mzxml2peaks.功能创建PeakList.单元格阵列。

时代 与LC / MS或GC / MS数据集相关联的保留次数。元素的数量时代等于单元格数组中的元素数PeakList.

提示

你可以使用mzxml2peaks.功能创建时代向量。

Fighandle. 处理一个开放的人物窗口,例如由此创建的窗口msheatmap.功能。
stantilevalue. 指定百分比的值。当峰值被强度排列时,只绘制高于该百分比的那些。选择是任何价值≥0≤1.。默认为0.。例如,设置stantilevalue.=0.绘制所有峰,设置stantilevalue.=0.8绘图只有20%最强烈的峰值。

输出参数

浮子 处理线系列对象(图绘图)。

描述

msdotplot(PeakList.时代的)从液相色谱/质谱(LC / MS)或气相色谱/质谱(GC / MS)数据集中绘制一组峰列表。PeakList.,一个峰值列表的单元阵列,其中每个元素是具有第二列中第一列和离子强度值中的m / z值的双列矩阵,并且时代,与光谱相关的保留时间的载体。PeakList.时代具有相同数量的元素。数据被绘制到由此产生的任何现有图中msheatmap.功能;否则,数据将绘制到新的数字窗口中。

msdotplot(Fighandle.PeakList.时代的)将一组峰值列表绘制到带有手柄中的开放式窗口中包含的轴上Fighandle.

提示

该语法可用于覆盖在由此创建的质谱数据的热图之上覆盖点绘图msheatmap.功能。

msdotplot(...,'smartile',stantilevalue.的)绘制最强烈的峰值,特别是那些在指定的百分比中的峰值stantilevalue.。选择是任何价值≥0≤1.。默认为0.。例如,设置stantilevalue.=0.绘制所有峰,设置stantilevalue.=0.8绘图只有20%最强烈的峰值。

浮子= msdotplot(...)将句柄返回到行系列对象(图绘图)。您可以将此句柄用作输入得到函数显示绘图的属性列表。您可以将此句柄用作输入函数来更改绘图的属性,包括显示和隐藏点。

例子

  1. 加载包含在BioInformatics Toolbox™软件中的MAT文件,其中包含LC / MS数据变量,包括山顶ret_time.山顶是峰列表的小区阵列,其中每个元素是M / Z值和离子强度值的两列矩阵,并且每个元素对应于频谱或保留时间。ret_time.是与LC / MS数据集相关联的保留时间的列向量。

    加载lcmsdata.
  2. 仅使用5%最强烈的峰值创建点绘图。

    msdotplot(ms_peaks,ret_time,'standile',0.95)

  3. 重新采样数据,然后创建LC / MS数据的热图。

    [MZ,Y] = MSPPRESAMPLE(MS_PEAKS,5000);MSHEATMAP(MZ,RET_TIME,LOG(Y))

  4. 覆盖热图上的点绘图,然后放大以查看详细信息。

    msdotplot(ms_peaks,ret_time)轴([480 532 375 485])

在R2007A介绍