主要内容
构建模型
代表机械系统生物学模型或PKPD系统的动态
职能
simbiology |
打开SimBiology模型生成器 |
sbiomodel. |
构建模型对象 |
sbioroot |
返回SimBiology根对象 |
sbioreset |
删除所有型号对象 |
SbioSelect. |
搜索具有指定约束的对象 |
sbiolastwarning |
SimBiology最后的警告消息 |
sbiolasterror |
SimBiology最后一个错误消息 |
验证 |
验证和确认SimBiology模型 |
addcompartment. |
创建舱对象 |
addobservable. |
将可观察到的对象添加到SimBiology Model |
addspecies |
创建物种对象并在模型对象中添加到覆盖物对象 |
addparameter. |
创建参数对象并添加到模型或动态法对象 |
addreaction |
创建反应对象并添加到模型对象 |
addrule. |
创建规则对象并添加到模型对象 |
addevent. |
将事件对象添加到模型对象 |
FindunusedComponents. |
在模型中查找未使用的物种，参数和隔间 |
findUsages(物种、参数、室) |
了解模型中如何使用物种，参数或隔间 |
findUsages |
了解如何在SimBiology Model中使用Abseralable对象 |
仔细研究（单位，UnitPrefix） |
了解如何使用单位或单位前缀 |
仔细研究（抽象丁基披肩） |
了解如何使用抽象的对象 |
updateInitialassign. |
更新初始分配规则以删除订单依赖项 |
班级
模型 |
模型和组件信息 |
可观察到的 |
对象，该对象包含用于模拟后计算的表达式 |
室 |
包含舱室信息的对象 |
物种 |
包含物种信息的对象 |
范围 |
参数和范围信息 |
反应 |
包含模型反应信息的对象 |
动力学 |
反应的动态法信息 |
规则 |
保持物种和参数规则 |
事件 |
存储活动信息 |
根 |
持有模型、单元库和抽象动力学定律库 |
PKModelDesign对象 |
帮助对象构建药代动力学模型 |
PKCompartment对象 |
使用PKModelDesign创建SimBiology模型 |
pkmodelmap对象 |
定义SimBiology模型组件的角色 |
构造 |
构建SimBiology模型PKModelDesign目的 |
addCompartment |
添加舱PKModelDesign目的 |
应用
| Simbiology Model Builder. | 以交互式构建QSP，PK / PD和机械系统生物学模型 |
| Simbiology Model Analyzer | 分析QSP，PK / PD和机械系统生物学模型 |
例子和如何
应用程序工作流程
这个例子展示了如何创建和模拟一个简单的模型的受体配体动力学使用Simbiology Model Builder.和Simbiology Model Analyzer应用。
使用SimBiology模型构建器将SGLT2抑制纳入基于生理的葡萄糖-胰岛素模型
将钠 - 葡萄糖共转运蛋白2（SGLT2）受体抑制与假设化合物掺入现有的葡萄糖 - 胰岛素模型中。
程序化工作流程
此示例显示如何以编程方式构建一个简单的模型。
此示例显示如何构建一个简单的基因调节模型并模拟它。
此示例显示如何在模型模拟中创建自定义函数并将其整合。
概念
一种偶像®模型是由一组数量和数学表达式描述的动态系统。
您可以在使用反应，规则，事件，变体和剂量构建型号时，查看Simbiology创建的方程式。
一种物种对象表示一种物质，它是参与反应的一种化学物质或实体的数量。
规则是数学表达式，允许您定义或修改型号数量，即隔间容量，物种量或参数值。
反应是描述改变一种或多种物质的转化、转移或结合过程的数学表达式。
使用质量动作动力学来定义零阶，一阶，二阶和可逆反应。
使用微分方程，质量动力学或Michaelis-Menten动力学来定义酶反应。
在SimBiology中，事件是模型中数量或表达式值的离散转换。
使用剂量来模拟不同的给药方案。
Simbiology允许您为模型仿真和参数估计创建一个，两个或多隔室药代动力学模型。
SimBiology允许您找到模型中未使用的物种、参数、隔间和可观察对象，并找出它们是如何使用的。
SimBiology在计算表达式中的名称时遵循一些优先规则。
你也可以从以下列表中选择一个网站:
