文件交换

显微镜图像浏览器2 (MIB2)

版本2.8020 (70.9 MB) Ilya Belevich
MIB2是分割的更新包的多维(2 d-4d)显微镜数据集
5.0
(3)

1.7 k下载

更新2022年7月28日

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MIB2可以分析、细分和想象各种多维数据集光和电子显微镜。MIB2完全重写遵循MVC体系结构并带来额外的稳定性在许多新特性。
MIB网站上看到更多的进一步的细节和教程: http://mib.helsinki.fi
我想承认Matlab文件交换用户社区,特别是作者的功能是在开发过程中使用的程序:
http://mib.helsinki.fi/acknowledgements.html
从这里MIB版本1是可用的 http://se.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/56481-microscopy-image-browser--mib- 并建议Matlab版本:R2011a - 2014 a
可用的所有功能与视频教程列表 http://mib.helsinki.fi/features_all.html
特点:
  • 金宝app支持2 d-4d数据集(c x, y,, z, t)
  • 9同时打开数据集
  • 为每个数据集边界框
  • 通过插件扩展
  • 执行的行为日志
  • 可定制的撤销制度
  • 可定制的快捷键
  • 色盲友好的配色方案
  • 地区的利益
  • 虚拟叠加模式处理大于可用内存的数据集
  • 批处理模式
数据导入/导出
  • 与Matlab直接导入/导出、斐济,伊万里瓷器和系统剪贴板
  • 直接进口从Omero服务器和网址链接
  • 气管无名动脉瘘管的加载和保存到,阿米拉网,JPG,斐济BigDataViewer、HDF5, MRC NRRD, PNG格式
  • 负载多达100种不同的图像和视频格式
  • Microsoft Excel(出口)量化
  • 重命名和无偏的洗牌工具分类和分割
量化和统计
  • 对象:区(2 d / 3 d)
  • 对象:ConvexArea (2 d)
  • 对象:曲线长度(2 d,像素和图像单元)
  • 对象:偏心(2 d)
  • 对象:赤道偏心率(3 d)
  • 对象:枚直径(2 d)
  • 对象:欧拉数(2 d)
  • 对象:程度(2 d)
  • 对象:填充区域(2 d / 3 d)
  • 对象:孔面积(2 d / 3 d)
  • 对象:端点之间的长度(2 d / 3 d)
  • 对象:长轴长度(2 d / 3 d)
  • 对象:子午偏心(3 d)
  • 面向对象:(2 d)
  • 对象:周长(2 d)
  • 对象:第二轴长度(2 d / 3 d)
  • 对象:可靠性(2 d)
  • 对象:第三轴长度(3 d)
  • 强度:相关性(2 d / 3 d)
  • 强度:最大(2 d / 3 d)
  • 强度:是指(2 d / 3 d)
  • 强度:最小(2 d / 3 d)
  • 强度:标准差(2 d / 3 d)
  • 强度:Sum (2 d / 3 d)
测量
  • 角
  • 卡尺
  • 圆的半径
  • 徒手画的距离和强度
  • 直线距离和强度
  • 多段线距离和强度剖面
  • 体视学
  • 伤口愈合实验
分割工具
  • 球三维(3 d)
  • 3 d线(3 d)
  • 注释的值
  • 画笔工具(2 d)
  • 刷2 d superpixels (SLIC的工具,分水岭)
  • 黑色和白色的阈值工具(全局、局部自适应;2 d / 3 d)
  • 深卷积神经网络训练和预测
  • 扩张(2 d / 3 d、差)
  • 拖&下降
  • 侵蚀(2 d / 3 d、差)
  • 填补(2 d / 3 d)
  • 框架选择工具
  • Frangi管式过滤机(2 d / 3 d)
  • 基于Graphcut半自动分割(2 d / 3 d),
  • 套索工具(2 d / 3 d)
  • 魔棒工具(2 d / 3 d)
  • 膜点击跟踪工具(2 d / 3 d)
  • 形态学操作(分支点,对角填补,结束点,骨架,刺激,薄,最终侵蚀)
  • 对象选择器(2 d / 3 d)
  • 量化滤波(2 d / 3 d)
  • 随机森林分类器(2 d / 3 d)
  • 形状和线插值(3 d)
  • 平滑(2 d / 3 d)
  • 点工具(2 d / 3 d)
  • 流域自动图像分割和对象分离(2 d / 3 d)
分割工具
  • 球三维(3 d)
  • 3 d线(3 d)
  • 注释的值
  • 画笔工具(2 d)
  • 刷2 d superpixels (SLIC的工具,分水岭)
  • 黑色和白色的阈值工具(全局、局部自适应;2 d / 3 d)
  • 深卷积神经网络训练和预测
  • 扩张(2 d / 3 d、差)
  • 拖&下降
  • 侵蚀(2 d / 3 d、差)
  • 填补(2 d / 3 d)
  • 框架选择工具
  • Frangi管式过滤机(2 d / 3 d)
  • 基于Graphcut半自动分割(2 d / 3 d),
  • 套索工具(2 d / 3 d)
  • 魔棒工具(2 d / 3 d)
  • 膜点击跟踪工具(2 d / 3 d)
  • 形态学操作(分支点,对角填补,结束点,骨架,刺激,薄,最终侵蚀)
  • 对象选择器(2 d / 3 d)
  • 量化滤波(2 d / 3 d)
  • 随机森林分类器(2 d / 3 d)
  • 形状和线插值(3 d)
  • 平滑(2 d / 3 d)
  • 点工具(2 d / 3 d)
  • 流域自动图像分割和对象分离(2 d / 3 d)
图像处理
  • 在数据集添加帧
  • 对齐
  • 亮度、对比度、伽马调整
  • 剁碎,re-chop大型数据集小卷
  • Content-aware填补
  • Contrast-limited自适应直方图均衡化
  • 颜色模式更改(深度、颜色类型)
  • 颜色通道操作(添加、复制、删除、转化、旋转、转变,交换)
  • 作物,调整,抛,旋转,转置
  • 作物的2 d / 3 d对象文件
  • 碎片移除
  • 图像算法
  • 图像过滤器
  • 归一化强度在Z / T (完整的片,掩盖了地区,背景的转变)
  • 强度替换所选区域内
  • 反
  • 和切片操作:插入、复制、删除
  • 强度的预测和集中堆积
  • 形态学操作
可视化
  • Orthoslices (XY, ZX、ZY飞机)
  • 体绘制(硬件)
  • 体绘制(软件)
  • 模型与Matlab等值面
  • 模型和卷同斐济的3 d查看器
  • 模型与伊万里瓷器和卷
  • 出口模型IMOD中
  • 出口模型来爱
  • 出口模型三维切片机
  • 出口模型和卷Matlab体积查看器
  • 出口模型STL格式

引用作为

Ilya Belevich (2022)。显微镜图像浏览器2 (MIB2)GitHub (https://github.com/Ajaxels/MIB2)。检索。

Belevich, Ilya et al。”显微镜图片浏览器:平台细分和分析的多维数据集。“公共科学图书馆生物学,14卷,不。科学公共图书馆(PLoS), 2016年1月,p . e1002340 doi: 10.1371 / journal.pbio.1002340。

查看更多的风格

Ilya Belevich,艾嘉Jokitalo。DeepMIB:用户友好的和开源软件培训的深度学习网络生物图像分割。冷泉港实验室,2020年7月,doi: 10.1101 / 2020.07.13.200105。

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创建R2021a
与R2014b后来版本兼容
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类

类/ @Labels

类/ @Lines3D

类/ @PoolWaitbar

类/ @ToggleEventData

类/ @mibAboutController

类/ @mibAlignmentController

类/ @mibAnnotationsController

类/ @mibBatchController

类/ @mibBoundingBoxController

类/ @mibChildView

类/ @mibChopDatasetController

类/ @mibController

类/ @mibCropController

类/ @mibCropObjectsController

类/ @mibDatasetInfoController

类/ @mibDebrisRemovalController

类/ @mibDeepController

类/ @mibDragNDropControl

类/ @mibExternalDirsController

类/ @mibGraphcutController

类/ @mibHistThresController

类/ @mibImage

类/ @mibImageAdjController

类/ @mibImageArithmeticController

类/ @mibImageFiltersController

类/ @mibImageMorphOpsController

类/ @mibImageSelectFrameController

类/ @mibImageUndo

类/ @mibImportOmeroController

类/ @mibKeyShortcutsController

类/ @mibLines3DController

类/ @mibLogListController

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类/ @mibMeasureToolController

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类/ @mibModel

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类/ @mibPreferencesController

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类/ @mibResampleController

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