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通过对核苷酸或氨基酸序列进行分析来增强对序列特征,功能和演化的更深理解。使用成对或多个序列对齐方法比较序列。计算序列属性和统计数据,以获得更多关于数据的物理,化学和生物学特性的洞察力。对在线或本地数据库中的已知序列进行爆炸搜索。通过从序列的成对距离构建系统发育树来确定生物体之间的进化关系。
从GenBank®中提取一些序列,找到开放阅读帧(ORFs),然后使用全局和局部比对算法对序列进行比对。
如何使用HMM图谱来表征蛋白质家族。剖面分析是生物信息学中的一个重要工具。常用的两两比较方法在分析远相关序列时往往不够敏感和特异性。相比之下,隐马尔可夫模型(HMM)配置文件提供了一个更好的选择,可以将查询序列与序列族的统计描述关联起来。HMM配置文件使用一个位置特定的评分系统来捕获这些序列的多重对齐中不同位置的保守程度信息。HMM profile分析可用于多序列比对、数据库搜索、序列组成分析和模式分割,以及通过预测开放阅读框预测蛋白质结构和基因定位。
基本序列操作技术并计算一些有用的序列统计信息。它还说明了如何寻找编码区(例如蛋白质)并追求对它们的进一步分析。
一种方法可用于研究序列对准的重要性。对齐中的身份或阳性的数量不是明显对齐的清晰指标。当对准时,序列的序列将具有与原始序列对齐时的相似百分比的阳性和标识。来自对准的分数是对准的重要性的更好指标。该实施例使用相同的Tay-Sachs疾病相关基因和蛋白质在对准序列对中进行分析。
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