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自动构建MATLAB应用程序

汪东城本周的选择是SimBiology模型应用程序生成器我的同事阿萨瓦里·萨曼特.

MATLAB是解决工程和科学问题的科学软件。您可以交互式地探索您的数据,并应用复杂的分析例程来获得见解并得出结论。有时,您可能想向与您一起工作的其他人提供这些分析功能,但他们可能不像您那样熟悉MATLAB。或者,他们可能对自由地探索他们的数据不感兴趣,但是他们希望能够应用您为这个问题开发的特定分析例程。在这种情况下,围绕您构建的功能为他们提供一个良好的用户界面通常是有用的。

使用MATLAB,您可以创建用户界面为了你的节目。

但是这个应用程序和其他MATLAB应用程序有什么不同呢?这是根据一些参数“自动”创建的。

Asawari的这篇文章是专门为用户做的PK/PD系统生物学使用建模SimBiology,但类似的框架也可以应用于其他应用程序。其基本思想是创建一个参数结构,定义它所连接的SimBiology模型、希望应用程序能够控制的输入参数、希望监控的输出参数以及与应用程序相关的任何其他参数。

%项目和模型信息鑫。projectName =“肿瘤生长”;%项目名称xin.modelName=“单一疗法”;%型号名称%输入和范围xin.inputs={%名称,下界,上界“10”0 20;“L1”0 10;“w0”0 10;“k1”0 20;“k2”0 10;“柯”0 10;“x1”0 10;“x2”0 20;“卡”0 100;“中央”0 10;};%滑块范围%指定输出xin.outputNames={%名称、范围;“w”,''};%名称和范围%指定时间和时间单位xin.时间单位=“一天”;%停止时间单位xin.stopTime=30;%停止时间%指定剂量特性新剂量=“静脉注射剂量”;%的剂量%使用模型原理图指定图像文件的名称xin.imageFilename='tumorModel.png';%模型示意图%指定应用程序的名称xin.appName=“模型探索:肿瘤生长”;

一旦设置了这些参数,您只需调用buildApp创建应用程序。

buildApp(xin,0)

这个框架非常适合这个应用程序,因为在PK/PD建模中,改变参数和模拟模型的任务是非常常见的用例。这在任何类型的建模中都很常见。然而,为不同的模型创建一个具有不同参数数量的自定义应用程序可能是一项乏味的任务。Asawari的加入使这个过程自动化。

在条目中,Asawari包括了几个示例,展示了如何使用应用程序构建器。注意,您需要SimBiology统计学工具箱若要运行此操作。若要创建独立应用程序,还需要MATLAB编译器.

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如果你正在使用SimBiology进行PK/PD或系统生物学建模,你一定要看看这个。一定要告诉Asawari你怎么想. 另外,请给我们留言,让我们知道您是如何创建MATLAB应用程序并将其分发给您的同事的在这里.




与MATLAB®R2013b一起发布

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